由于海军那边已经确定失败了，由于不清楚郑芝虎的具体兵力，所以，荷军不敢调头去找郑芝虎的麻烦，就只能撒开腿向马六甲方向撤退。
然而荷军丢光了辎重，沿途的百姓也在荷军当初南下时被祸害光了，因此，腹中饥饿的荷军只能靠着采摘木瓜、芒果及打猎为生，但往往有荷军误食了有毒的水果、喝了有细菌的水，以至于食物中毒及大规模腹泻，所以，等柔佛方向的荷军好不容易逃回马六甲了，所部也就只剩下了不到2000人而已。
可此时更艰难的事情还在等着这支残军呢，这不，兵败如山倒的荷军水师在接到第3舰队惨败的消息后，一早带着马六甲守军向锡兰逃去，幸好他们逃的太快，粮食什么没有带走，否则柔佛方面撤回的残军不但没有可以依托的守备之地，还没有饱腹的粮草，只怕会更多的饿死；不过，即便这些残军能勉强依靠撤退部队留下的粮食过活，也是坚持不了多久的，所以，当后续明军派人向其等劝降后，他们便第一时间打出了白旗······
潘龙和部很快押解着一众被俘荷军船只进入柔佛水道西段，并威逼这些船只在靠近龙牙门岛一侧停泊、船上水手水兵也被驱赶上了龙牙门岛与荷军陆师未来得及撤退部队一起关押起来，由施琅部予以看管。
随后，潘龙和一面派人联络新邾港方向宁虎所部、报告第二次新南湾之战及龙牙门海峡之战的战果，另一方面则迅速审讯了被俘荷军官兵，从中找出了2名荷军海军少校、3名荷军陆军上尉，并调船运输以上5人前往坦宾岛。
潘龙和带着俘虏抵达坦宾岛后，果不其然的发现郑芝豹部交战失利郑芝豹却以为自己迫使荷军无法攻击新南安城，是胜利不是失利便向郑芝豹提议向荷军派出劝降使者。
郑芝豹对此自是不会拒绝，于是潘龙和便派5名荷军中层指挥官陪同劝降使者前去接洽坦宾岛上荷军。
坦宾岛上荷军指挥官自然不接受海军惨败、己方已经被抛弃，成为孤军的事实，一度失态的要击毙几名“叛徒”，但坦宾岛上荷军很快面临物资供应不足的困境，因此，在挣扎了两天后，坦宾岛上的5500+荷军最终还是向明郑联军投降了。
随即，潘龙和又押着更多的荷军中级军官来到了椰城，当得知第3舰队步着第2舰队后尘，已经彻底失败了，椰城荷军再无念想，也只能乖乖的向人数比自己少了许多的于通部举起了白旗；至此，明军顺利的以一系列胜利，结束了第二次明荷战争中的西线战事······