荷军第1舰队的4艘葡萄牙武装商船、12艘荷兰武装商船、12艘英国武装商船、2艘荷兰信报船、60艘各型运输船及船上4000名荷军印度雇佣兵实际是与荷军第2舰队同时自科伦坡出发的，并且一同沿着苏门答腊西南海岸线向东行驶。
只不过，荷军第2舰队抵达巽他海峡南入口时，选择了北上突破巽他海峡进入爪哇海，而荷军第3舰队则根据事先计划继续沿爪哇岛南部海岸线东进，直扑帝汶岛方向。
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有人不禁要问了，为什么荷军第3舰队不与第2舰队联合行动呢？这不是给了明军各个击破的机会吗？荷兰人怎么这么愚蠢呢？
首先要说明一点，明军软帆船编队实际是后来从吕宋调来的，而荷军各舰队是在该编队抵达新益港之前就驶离了科伦坡，就各自目标发起了进攻，因此，在荷军所了解的情报里，是不存在明军软帆船编队那18艘四级舰的，顶多就知道明军在椰城方向有4艘淮丙船及少量淮庚船、淮丁船而已，所以，荷军在开战前认为，只一个第2舰队就足以掌握巴达维亚外海的制海权了，并不需要第1舰队来锦上添花。
其次，通过了解荷军第1舰队的构成，便可以知道，这支舰队实际体现的是英国人利益。
没错，根据《威斯敏斯特和约，荷兰人向英国渡让了一部分东印度群岛的利益，因此在东印度群岛的控制权已经落入大明之手后，荷兰选择以将古邦湾及周边地区割让给了英国政府的办法引英国人入局，但英国人多鬼奸啊，他们根本不会为荷兰人火中取栗，所以，并不愿意合同荷兰人与大明海军决战部分原因是害怕荷兰人在战斗中坑了自己这个刚刚达成和平协议的对手就只想着从大明手中夺取南半个帝汶岛。
而葡萄牙人参战的目的也是想着从大明手中夺回帝力及帝汶岛北部殖民地葡萄牙人脑子还比较清醒，知道在大明本土是不可能有机会拿回濠境的，所以，他们的目标仅仅是收回帝汶岛北部殖民地而已并不想跟大明发生全面冲突，进而给那些正在与大明合作的葡萄牙商人带去某种危害。
因此，还想以古邦湾、帝力港为前进基地，向香料群岛发起进攻的荷兰人就只能向英国人、葡萄牙人妥协，以最快速度帮助两国夺取帝汶岛，并籍此要求两国参战人员根据事先约定，在后续为荷兰方面提供必要的支援。
所以，两个因素相加后，荷军第1舰队就未与荷军第2舰队联手行动，先攻占巴达维亚，再夺取帝汶岛荷军第2舰队原本会在夺回巴达维亚后，攻击万鸦老和新益港，再攻击台窝湾；而荷军第3舰队则会在夺取龙牙门后，依次攻击苏门答腊的周藩、西婆罗洲的邾藩、湄公河河口的唐藩，然后兵临广州；至于荷军第1舰队的最终目标截止于安汶湾而是直扑帝汶岛而去。
弘光十二年九月十三日，荷军第1舰队与第2舰队在咱奈坦岛以西的巽他海峡南入口处分离，随后该舰队一路东行，耗时12天，疾行了1140海里，与当年九月二十五日下午抵达帝汶岛南部古邦湾入口处。