朱由崧知道文官集团是不会轻易放弃兵权的，所以也不是很吃惊军机处的态度，只是问马士英道：“马先生是什么态度？”
马士英虽然承诺要当弘光朝的严嵩，但也顶不住文官集团的压力，所以，犹豫了一会，他回复道：“臣以为吏科的担心是有道理的，虽然大都督府是辅助陛下指挥天下兵马，但万一今后天子年幼或病弱，有乱臣贼子借皇权之名义行事的话，没有制约是很危险的。”
朱由崧身边的司礼监秉笔、中官监掌印段炜一听不干了，马士英的话分明是在说司礼监会假借皇权调用兵马行不轨之事嘛，所以他挺身而出，质问马士英道：“马老先生，兵危战险、稍加犹豫就会失去战机，若是大都督府调兵之权非要兵部副署才能施行，那万一兵部内部意见不一，迟迟不肯副署，延误战机算谁的？”
如果大都督府一请兵部就同意副署，那跟盖印机器没什么两样，实际是失去了监督和制衡大都督府的意义，但如果大都督府请示后，兵部拿捏，始终不能副署，那导致前线失利，兵部能不能承担这个责任呢？
马士英答道：“段公公此言差矣，虽然前线形势瞬息万变，但消息从前线传到京师是需要时间的，该耽误的已经耽误了，断不会因为一两天发生不测的！”
现在的通讯手段非常落后，消息传递有延迟，所以在外人看来，兵部多权衡两天也无关紧要。
朱由崧却抓住了内中的实质：“军机处的意思，朕明白了，大都督府不应该是辅弼皇帝指挥军队的机构，而是应该做出兵部的参谋单位！”
朱由崧的话音虽然不高，但内中的含意极为深刻，以至于在场的军机处官员全部跪倒在地：“臣等不敢窥视陛下大权！只是为了保证军队不为野心家控制！”
朱由崧反问道：“司马懿算文臣还是武将？”
王灿成抗言道：“陛下此言不妥，会使天下士子寒心的······”
不待王灿成继续说下去，朱由崧断然打断道：“兵权怕只是第一步吧，周召共和才是卿等目的吧？‘为天下之大害者,君而已矣’，卿等是这个意思吧！”
虽然本时空中黄宗羲还没有写成《明夷待访录，但黄宗羲关于“君为民害”的思想早在弘光初年就已经在江南士林中流传了，所以，朱由崧才会咬死了某些人“非君”及妄图侵夺帝王大权。
马士英、孙传庭等人立刻跪拜下来：“臣等绝无此等大不敬的念头！”