朱由崧并没有因为马士英等人的解释而放松了面部表情：“卿等说不是，就不是了？君子论迹不论心，朕看来，你们的提议就是要虚君实相，置朕与后继天子垂拱而治！”
这话就更严重了，马士英、孙传庭、张国维都摘下官帽，俯首道：“陛下见疑，臣等也不敢争辩，请陛下准予臣等致仕！”
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朱由崧冷冷的说道：“卿等只会辞官的手段吗？也对，夫子不是说‘道不行，乘桴浮于海，从我者其由与’嘛，正好证明了朕是昏君暴君嘛！”
正反话都被朱由崧说了，马士英等人无言以对，只能再次叩首道：“臣等不敢，雷霆雨露具是君恩！”
朱由崧看着趴在那的几人沉默了一会，这才说道：“带上官帽、起来说话！”
马士英等人起身后，朱由崧言道：“先说总督和巡抚的事，巡抚，朕认为应该偏向民政，于军务上行监督权便是了，不应该染指各道兵马的指挥权。”
关于巡抚、兵备使与各道总兵的关系，朱由崧已经跟孙传庭说过了，孙传庭也把朱由崧的意思传达给了军机处众人，因此大家都理解朱由崧的用意，而且各道驻军其实都是镇戍兵马，大多数情况下是不可能离开防区的，所以，巡抚不直接指挥各道总兵、副总兵，问题还不是很大，相比巡抚是不是指挥总兵和副总兵，真正要令人注意的是谁来制约各地京营守备的兵权。
所以，孙传庭第一个表态道：“臣以为陛下说的有道理！”
张国维也是当个兵部尚书和经略的，知道文臣领兵的弊端，所以也附和道：“臣附议！”
马士英因为是靠着手中的兵权才有拥立之功的，所以他也知道朱由崧对此的忌讳，便在孙、张之后，表态道：“臣同意，巡抚不直接领兵，有事当移文总兵官、副总兵官。”
王灿成没有立刻表态，只是问道：“陛下，总督又如何说法！”
朱由崧看了王灿成一眼，然后用不快的语速说道：“总督更偏向军政方面，是兵部在边防前线及镇压内乱前线的代表，本身也不应该直接指挥各部，而是主要起协调作用，确保对边防各军的监督、保障。”
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总督的职责除了监督边军各部外，更多的是协调工作，即协调边军与中枢的关系、边军与周边各道的关系、边军与边军之间的关系，必要时还要协调边军与京营或内地援军之间的关系。
王灿成在朱由崧说完后，开口道：“陛下，若总督只是协调的话，一旦有事，实际很难进行统筹，反而会耽误了战事；所以臣以为总督应该有必要的指挥权，而总督只是兵部在一线的代表，若兵部没有指挥权，那挂在兵部尚书或侍郎衔的总督又哪来的指挥权呢？”