“此外，原来六部在司一级通常只有一名郎中、一名员外郎和一两名主事，这实在太少了，偌大个部，事务堆积如山，靠这点官能做什么，最终只能是朕与胥吏共天下了，所以，你们要根据实际情况下，在司之下设置科处，并以主事、都事主管，并在科处内安排低品官员为干事。”朱由崧又补充道。“今后各部尚书为正二品、左右侍郎为正三品、各司郎中为正四品、司下科处主事为正五品，科处内则有若干六七品的干事。”
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马士英迟疑道：“如此一来，岂不是各部职官数量倍增了吗？只怕有冗官之嫌疑！”
朱由崧摆摆手：“冗不冗，关键是看这些官做不做事，而不是看官的数量，真要向神庙年间，缺官不补，倒是没有冗官了，但朝廷运行却失了顺畅！另外官职改革的目的就是减少闲曹官员并归并和撤销已经是无用的衙门，然后将这些衙门内的官员转移到那些真正要做事、且事务繁重的衙门去！”
张国维目光一闪，随即探问道：“陛下的意思是，日后朝廷迁回北京，南都将不再设置留部衙门？”
朱由崧沉默了一会，回复道：“留都这套体制固然在朕继位这件事上是发挥了作用的，但是不客气的说，归根结底起到作用的也就南京兵部、南京户部等极少数衙门，朕以为相关衙门可以保留，但其他的衙门是否需要存续，值得商榷，或由军机处来进行统筹安排、决定是否撤销和归并！”
马士英应了一声：“是，臣等洽商征询一番后，再向陛下汇报是否要改易留都体制。”
朱由崧再次点了点头：“好了，大的框架，朕已经交代了，接下来军机处就正式开始运作吧；对了，朕稍后还会从地方抽调巡抚、知府、知州、知县等级别官员加入军机处，以备卿等参考。”
孙传庭言道：“陛下，官制改革不宜全面推行，或先着手在京衙门的修订，待在京衙门整合完毕后，再论地方衙门的更定！”
朱由崧笑了笑：“孙先生说的是，却是应该如此！”
意识到朱由崧的话已经告一段落了，马士英便提请告退，朱由崧想了想，说道：“孙先生留一下，卢九德也先留下！”
马士英有些忌惮的看了孙传庭一眼，便带着张国维和王灿成退出了乾清宫！
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待马士英等人离去后，朱由崧对孙传庭言道：“孙先生，有件事，朕要跟你交个底。”
孙传庭侧耳聆听，就听朱由崧说道：“英庙以降，似乎每朝都有类似孙先生这等文臣中的名帅，但这些文臣名帅的数量实在太少了，大多数的文臣，哪怕是做过巡抚总督当过兵部尚书，不知兵的很多，无非是这些人被文臣名帅的光芒遮掩了，所以，至今还有很多士人以为有朝一日自己也能羽扇纶巾、谈笑间指挥若定！这很荒谬！”
朱由崧加重语气道：“当然，有人会拿唐末五代说事，强调文官统兵的重要性，但朕以为，这恰恰是违反了祖制的，所以，朕有些正本清源，恢复洪武、永乐年间制度，以兵部处置军政，以大都督府处置军令！”
孙传庭皱着眉头问道：“陛下，何为军政，何为军令！”