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自然，要切实落实的不仅仅兵马来源和分配，更关键的是彻底废止卫所和军籍，但这就又涉及到了另外一个重大的问题，那就是五年后、十年后的后续兵源怎么解决！
因为之前朱由崧跟张缙彦曾经谈过此事，所以，张缙彦一脸严肃的进言道：“陛下明鉴，兵制变动事小，但关系到是否取消口赋劳役、更定现有田亩税制以及士绅优待，非改制前兵部一家能做到的！”
朱由崧之前跟王应熊、张缙彦等人说将三饷永久归并入田赋、废除口赋劳役、调整士绅优待这些事就是为了让他们几人能提早向南京传消息打招呼，所以，现在张缙彦一下子把话给挑明了，在场的内阁大学士、各部尚书、侍郎却是一个个都不动声色，显然是事先知情的；至于六科都给事中这边，也没有骚动的样子，因此也是多少知道这件事的！
朱由崧笑了起来：“后续兵怎么来以及兵役改革，都是以后的事情，可以放在官制更定后慢慢来确定，卿和兵部先把军改的事情落实了吧！”
张缙彦既然挑了头，自然不会坏人做到底，所以，便应道：“臣领旨，这就先办了撤销卫所、军籍，分设内镇边军诸事！”
朱由崧叮嘱道：“兵部要抓紧一点，最好明年，最迟后年，一定要把除了云贵及狭西以外的军改落实了。”
之所以排除陕西，是因为陕西战事还没有结束；之所以排除云贵，则是大西军那边也没有定局；至于军改中涉及京营部队，也不是不用兵部考虑的，御马监会负责做好了。
张缙彦应道：“兵部明白该怎么做的！”
张缙彦退到一边后，朱由崧似乎犹豫了一会，这才说道：“北京既然光复了，诸卿家以为，朝廷是否要迁回北京去呢？”
朱由崧的话立刻引起了与会者的巨大分裂，是的，籍贯在南方的官员自然不希望朝廷回到北京去，所以便用北地残破、漕河淤塞导致漕运代价巨大等理由反对北迁，籍贯在北方的官员却以顺天府系边防重点，朝廷在南方调度不灵等说辞，坚持主张北迁；还有部分籍贯在南方的官员因为利益所在，却支持朝廷北迁的譬如工部左侍郎何吾驺就觉得北迁后需要大兴土木，对工部极其有利，所以支持北迁也有部分籍贯在北方的官员因为趋炎附势及党同伐异的原因，反对朝廷北迁。
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总之，此时此刻，在乾清宫里出现了互不相让的两大对立意见。
马士英见状，便出列探问道：“陛下的意思是？”
朱由崧伸手揉了揉眉心：“朕也无法明确北迁的利弊，所以，才会征求诸卿的意见！”
朱由崧拿不到主意，其他与会者又产生了深刻的对立，所以，马士英便提议道：“陛下，迁都之事事关重大，当广泛于朝廷内外进行讨论才是！”
朱由崧便道：“那就由内阁发文，征询百官意见吧！”
说到这，朱由崧吩咐道：“马士英、孙传庭、张国维、王灿成留下，其余各卿可以告退了！卢九德也留下！”