首先明军沿黄四镇对于河北的袭扰一直持续到了二月末三月初，黄河化冻迹象已经十分明显后，才宣告停止的，这就让济尔哈朗没办法分心于东线的战事。
其次，在高杰和黄得功部的帮助下，越过王屋太行山进入山西境内的西厂密谍，于第一时间内，便在山西策动了多起反清起义，迫使原本从晋南、晋中等地调往大名的清军不得不回转潞安、泽州、平阳等地实施镇压，这就减少了济尔哈朗的可用之兵。
再次，从石廷柱部的奏报中，济尔哈朗发现燕山师等部大量装备了前装线膛枪和发射爆炸弹的前装线膛炮，这两款武器的威名随着多铎在马汊河战败而闻名八旗高层同时清廷仿造的前装线膛枪相对普通火铳所体现出来的射程和精准度方面的优势，也让八旗权贵们心寒因此心里没有把握的济尔哈朗不确定自己派多少兵去追击为好，派少了吧，可能是去送菜，想派多吧，清军还真没那么多骑兵，所以，犹豫中耽搁了时间。
最后，济尔哈朗一直不确认燕山师、永清师北上的真实意图是什么，所以，一度准备在济南城下与燕山师、永清师决战，等到燕山师和永清师东进后，济尔哈朗又担心两师东行的目的是调动清军主力东进，为黄河彻底化冻后，明军主力北上提供便利。
正是这四个方面因素的干扰，使得济尔哈朗只能眼睁睁的看着东三府的形势再次出现糜烂燕山师、永清师在攻入登州之前，在青州和莱州府境内散发了100多份南京吏部颁发的品官告身，再度激发了青莱两地乃至于济南境内的反清武装斗争；至于燕山师打破威海外封锁线，进入威海后，荣成、文登等地更是立刻易帜，进而导致正在鳌山卫方向实施封锁作战的金砺所部被迫放弃鳌山卫外围的封锁线及即墨县城，直接退回胶州城进行死守。
但对于山东东三府糜烂，满清高层是不乐见的，所以，济尔哈朗很快接到了多尔衮的呵斥命令，让他立刻肃清了山东、山西之乱，以确保今年的春耕和税赋收入。
在多尔衮的严令下，考虑到黄河已经进入解封期，清军大约有20天至1个月的时间可以用来平定山东的“乱子”、所以，济尔哈朗最终于清顺治五年三月十四日亲率2万余军队，前往山东东三府作战，但这已经无法阻止燕山师、永清师进入威海休整了。
号称7万人的清军大队开入青州后，青莱等地的反清斗争再次如汤沃雪一般瞬间消融了，不过由于清军出动兵马前往山东东三府时，完全采用了拆东墙补西墙的方法，所以，兖州西部梁山泊周围的榆园军又再次闹腾了起来，倒是让济尔哈朗大有应接不暇之感受。
于是，为了彻底消灭榆园军，在济尔哈朗的命令下，前去镇压的尼堪部、准塔部、姜瓖部对着兖州西部的百姓无差别的举起了屠刀济尔哈朗之所以之前不采取大规模屠杀的策略来镇压榆园军起义，主要还是从征收粮饷的角度考虑，真把人杀光了，就没有人种地交税了，但现在济尔哈朗已经顾不得太多了由是，兖州北部、西北部、济南西南部、东昌南部的汉民陷入了灭顶之灾。