由于明廷采取了剿抚并用的手段，在崇祯十二年四月前，“义军”的形势出现了极度低沉的局面，但“义军”的低谷期没有持续多久，崇祯十二年五月起，“义军”再一次活跃起来，并且是空前的活跃练饷的征收如火上浇油一样，让明末“农民起义”迅速进入了高三朝阶段。
而这一切的改变首先是从张献忠、罗汝才两部的再次叛乱开始的。
崇祯十二年五月，一度因为形势所迫才被迫受抚的张献忠，发现北上勤王的明军剿寇军主力并没有南返，因此胆气复壮，遂于该月上旬于谷城以“毁城、劫库、放囚”的形势发动了叛乱，并杀死了谷城知县阮之钿，并在县衙墙壁上留下了“以告楚人，言发，由总理熊文灿酷取其货”的声明，还“列具上官姓名，疏取来信索取贿多寡、日月”，“唯襄阳道王瑞栴不取一钱”等字眼，以证明自己是被迫再次造反的。
随即，张献忠率部离开谷城开往房县，与正在那里“解甲耕屯为观望”的罗汝才部汇合
见到张献忠部开到，早就不甘心种地的罗汝才立刻响应，也举起了再度反明的旗帜，并与张献忠部联手攻下了房县县城。
张献忠部与罗汝才部再次叛乱的消息，以及张献忠留下的所谓官逼民反的证言证物，让熊文灿恼羞成怒，便命令左良玉部加以讨伐。
得知左良玉部开来，自知不敌的张献忠和罗汝才部经过商议，于当年七月二十二日，放弃房县西进秦岭深处接到收复房县消息的熊文灿对于左良玉部行动缓慢，导致张献忠和罗汝才两部逃脱非常不满，便勒令左良玉继续追击。
左良玉“谓路险饷艰，不可追”，然“文灿身入祸门，不暇审计，强使行”。
在熊文灿的逼迫下，左良玉于七月二十六日，与豫将罗岱部一起出发，并以罗岱部位前军，左部蹑行其后，“逾房县八十里，至罗猴山”，“军乏食”，且遇张献忠并罗汝才部的伏击，罗岱当场战死，左良玉便“大败奔回，军符印信尽失，弃军资千万余，士卒死者万人”。
罗猴山之战后，摆脱了追兵的张罗联军“欲入狭西”，但陕西明军扼守要隘兴安，张罗两部无法突破，只能转向进入川东，但又遭到四川明军的抵御，于是，同年九月，张、罗两部分开行动，张献忠部向陕西转移，罗汝才部转向湖广。
而在张、罗两部分开行动之前，崇祯皇帝已经对熊文灿的无能和贪鄙忍无可忍了，于是，将其“削官”、“戴罪自赎”，对此，熊文灿的举荐人杨嗣昌未免心中着急，为了避免明廷内部的政治反动派，拿熊文灿的事来攻击自己，杨嗣昌便“请自行以塞上意”。
杨嗣昌被重用，本就是崇祯皇帝的独断，因此眼下看到杨嗣昌出了问题，所以崇祯皇帝也希望“嗣昌立功、以靖众口”，所以，杨嗣昌一提出“自行”，崇祯皇帝便“亟许之”，就此决定由杨嗣昌以大学士兼兵部尚书的身份出任督师，并“赐剑”、许以“便宜诛赏”。
九月六日，杨嗣昌陛辞离京，崇祯皇帝还“赐诗祖晏”，其诗为：“盐梅今日作干城，上将威压细柳营，一扫寇氛从此靖，还期教养遂民生。”
不说诗作的好不好，但这份恩宠是没得说的，甚至还为了帮助杨嗣昌灭口，待杨嗣昌抵达熊文灿大营后，逮捕熊文灿入京，并坐以“大辟”
“王乾，你报称，舞、叶间有妖民刘保儿作乱、柘城有土贼一斗谷为祸、梁开封、宋归德间有一条龙、袁老山起事，复有商丘黄老山、许州蓝氏兄弟、商水哪吒等近五十多股土寇为祸全省，那河南府周边有没有呢？”
王乾回应道：“回世子爷的话，有的，永宁有张瞎子、马保儿、党三，渑池有郭鬼子、叫破天，嵩县有一支香、血红花，另外在汝州与河南的交接处，还有李福、李康兄弟及一条龙、艾一等部为祸。”