面对天灾造成的损失，“联军”上下自然是不甘心的想想也是，已经到了江户湾门口了，这个时候撤退，只能说是功亏一篑然而，部分船长却对江户湾的地形表示了担心，因为江户湾实际是不长的口袋，进去容易，出来就难了。
若是“联军”是完好的状态，自然是不惧什么日本水军封堵的，但现在可谓是伤兵满员，非要以现在的状态强行冲入江户湾的话，极有可能会有一部分船只遭到灭顶之灾。
或许对于整个舰队来说，只要迫使德川将军答应开国要求，损失几艘乃至十几艘船也是值得的，但对于单条船来说，谁也不想接受自己倒在黎明前的结果，更何况，整个舰队并非是整体，而是各国商人拼凑起来的，这些商人、船长自然是不希望牺牲自己，成全别人的。
因此，经过近似吵架的争辩后，“联军”高层不得不做出终止这次进攻，各船返回马尼拉及澳门修整，来年再组织舰队来扣关的决定
“联军”就这么乘兴而来，败兴而退了，只给江户幕府留下了一地鸡毛及对来年“联军”再来的担忧于是，江户幕府火速批准了长崎奉行榊原职直递交的向福海号采购远程红夷大炮的建议，决定以每门炮金6000两的价格向福王府采购100门寇菲林式10磅长炮货款三分之一为金银、三分之一为铜料、三分之一为铁料稍后这100门长炮中会有20门布置在长崎、40门布置在大阪湾、另外40门布置在江户湾内。
另外，为了给这些大炮找合适的射击阵位，德川幕府还决定斥巨资、立刻在大阪湾和江户湾内填海修建海中炮垒。
由于幕府也没有在政务上保密的传统这么大一笔交易也保不了密所以向福王府购买长程火炮的事情也引起了除鲸海日本海沿岸诸侯及内陆诸侯以外的各藩诸侯的兴趣，这些藩国诸侯后来也陆陆续续的向福海号订购了100多门同口径大炮萨摩藩购买了1门、荻藩购买了5门、土佐藩购买了10门、纪州藩购买了15门、尾账购买了10门、水户藩购买了10门、仙台藩购买了15门、德岛藩购买了8门、伊予松山藩购买了7门、高松藩购买了5门，等等等等，却是让朱由崧这边一下子赚翻了，大大的补了回血。
不过，对于福王府来说，更重要的是，鉴于洋夷迫在眉睫的威胁，幕府不得不暂时停止了对日本国内出现的中国走私商品的追查，这就让祥福瑞的走私贸易得到继续，进而为福王府源源不断的输入必要的资金，以应对未来更大的危机。
而这场功败垂成的“洋夷入侵”其实还有一个尾声，这不，一部分不甘心与家乡擦肩而过的海外日本人怂恿包括几名大明海商在内的部分“联军”船长，准备在日本家门口设立一个前进基地，其中有个别船长和船主选择了奄美大岛作为据点，结果这批船长和船主便陷入了与岛津家无止境的纠缠之中。
还有3条戎克船、1艘重型桨划船、1艘轻型桨划船、1艘卡拉维拉型武装商船的船主准备带着船上500多名海外日本人、马来水手准备夺取济州岛，控制中日北方航线，自然也是一头撞上了铁板，被10艘淮丙船一通胖揍，最后不是被击沉了，就是被迫投降，成为了出乎福王府军意外的收获。
再加上回航的路上，“联军”再一次遇到了台风的洗礼，所以，曾经浩浩荡荡的40艘出战船只，最终只有三分之一回到了马尼拉和澳门
“南藤先生、濑目先生，由于此次出击的不顺利以及日本教会覆灭的现状，我十分遗憾的代表马尼拉教省通知你们，未来的23年里面，教省是没有能力再组织类似的进攻了。”
回到马尼拉后，何塞贝纳维德斯大主教的代表便找了上门，向日本教会代表南藤昭信和海外日本人代表濑目龙三说明了教会的态度和苦衷。