在诸侯拼上全力后，起义军果然支持不住，这不，崇祯十年十二月二十三日，小仓藩和中津藩以伤亡150人的代价，夺取了四阿山砦，守备四阿山砦的岛原百姓350人，全军覆没两天后，石冈藩和柳河藩也以180人伤亡为代价夺取了南崩山砦，并杀死了山砦中的300男女百姓至此岛原城的支城全部陷落，守军陷入了孤立无援的境地。
然而就在板仓重昌自以为即将攻陷岛原城之际，守军却凭借着花山京雄半卖半送给起义军的几门“地铳”的威力，再一次挡住了佐贺三藩的进攻，以至于替代身在江户的佐贺藩藩主锅岛胜茂指挥佐贺三藩联军的，莲池藩藩主锅岛直澄直接抱怨称“只有大筒才能压制大筒，所以需要幕府调拨大筒出战”。
板仓重昌怒不可遏之余，发现佐贺藩中有人与岛原城内的起义军暗通曲款佐贺藩军中有基督教的同情者当下撤下了佐贺三藩所部，调用唐津、久留米、森藩、高锅等藩部队出战。
说起来，唐津等藩加起来兵力还不如佐贺一藩为多只有佐贺藩的一半不到原也是拿不下岛原城的，但岛原藩藩主松仓胜家戴罪立功，找到一条没有被起义军发现的密道，然后通过这条只能供一人通行的密道，直接深入到了岛原城的本丸。
等趁着守军被唐津等藩联军的进攻所吸引之际，板仓胜家领着10余个随从自本丸杀出，一时间突袭得手，杀死了起义军在岛原城内的指挥官，失去指挥的起义在腹背受敌、士气消散的情况下并没有能坚持多久，就这样，岛原城落入了幕府讨伐军之手。
尽管最终胜利的夺取了岛原城，斩杀了留守岛原周边的3000百姓，但二十多天就这么耽搁了，以至于起义军已经顺利的在各处设立起了山砦，幕府讨伐军速决速战的企图却是彻底破产了。
按理说，此番出动的都是诸侯的部队，消耗的都是诸侯的力量，打得快打得慢对幕府来说没有什么大的损失，可问题是，总指挥官是江户幕府派去的，外人总觉得讨伐军打的不好是因为总指挥官手艺太潮了，这就让德川幕府丢了面子，于是，为了严肃军心，即便得知讨伐军已经收复岛原城了，江户老中会议还是做出了解除板仓重昌讨伐军总指挥的决议，并任命忍藩藩主、三代将军家光小姓出身的老中松平信纲为新任讨伐军总指挥，立刻赶往九州接替板仓重昌。
得到自己被幕府解职的消息，板仓重昌内心中的那根弦断了，于是他便亲自上了一线，指挥部队攻打龙石海岸线边的须川山砦，结果自然是求仁得仁，死在了守军的流弹之下。
板仓重昌战死了，岛原北线的战事自然就自动停止了下来，但起义军的局面并未真正得到改善，相反，随着西路讨伐军出现在了濡川上游河谷及岛原西乡等地，起义军回旋的余地已经越来越小了，一旦松平信纲就位，一场更加血腥的战斗必然不可避免