叛军无可奈何，只能采取建筑高垒，然后将火炮拖上去与城内明军大炮对射的战术，但杨御蕃以总兵身份亲临一线作战，给予了明军将士极大的激励，因此尽管守军死伤枕籍，还是死战不退，最终再一次击退了叛军的进攻。
叛军无可奈何，只能采取挖掘地道、填满火药、炸垮城墙的战术，所以，接下来的2个多月里，攻守双方围绕地道，展开了惨烈的战斗，双方都有不小的损失。
时间推进至三月二十六日凌晨，叛军终于用火药炸垮了莱州城东北角的城墙，随即，叛军大举突入，与坚守的川兵和湖广兵展开殊死搏斗，叛军当晚三次冲上莱州城头，又三次被赶了回去，双方伤亡战士的尸体几乎擂的跟城墙一样高了，最终，在天亮时分，叛军因为承受不住如此巨大的伤亡，终于放弃了继续进攻，撤出了战斗。
因为三月二十六日的惨重损失，所以叛军不得不放弃了强攻莱州的打算，转而围点打援，优先对付明军援兵。
不过，在当年四月初二的打援战斗中，师老无功、士气低落的叛军却是吃了迎头一棒，包括陈文才等在内的多位叛军将领或被明军俘虏，或被明军击败，一时间，叛军发现自己面临了立刻倾覆的危局。
因此，叛军方面故技重施，在遣使媾和来迷惑明军统帅的同时，以骑兵抄小路阶段明军粮道，导致总兵力达到25000人的明军援军不战自溃，明军援军所携带的火炮和火药也因此全部落入了叛军之手，大大的给叛军补了一回奶福海号是用粮食、药品跟叛军交换被抓的山东百姓的，因此叛军的火药一直是有消耗没补充的，却没曾想到，福海号这边没给叛军的东西，明军援军却自己拱手相送了。
击退了这波明军主力后，叛军又加强了对莱州城的包围，更让莱州军民雪上加霜的是，当年四月十六日，接替无能且渎职的徐大化出任山东巡抚的徐从治在迅速莱州城防是被叛军炮火集中头部，当场殉国了。
徐从治不幸遇害的消息一经传开，莱州军民的士气受到极大的打击，也就是叛军并不知道自己火炮建功，没有进一步派遣兵马攻城，否则莱州未必能坚守得下去
时间进入崇祯五年五月，眼见得莱州之围不解，山东等地频频告急，而各路援军也先后无功，以王万象为首的山东籍官员再也无法忍受家乡继续被涂炭了，所以，纷纷上疏奏请调到边军入关剿贼。
恰好此时，崇祯皇帝得到了阿巴海在四月份率兵攻打察哈尔部的消息，认为后金军势必会被林丹汗拖住，辽西等地的防务暂时不会吃紧，所以便同意了鲁省官员们的要求，于六月初九，调到辽镇官兵4800人入关赴援。
这支部队由总兵金国奇率领，高起潜为监军，祖大弼、祖宽、吴襄、吴三桂等多名辽镇战将从征由于知道高起潜监军意味着明廷对辽镇兵马的不信任，所以，为了确保每年几百万两辽饷还能足额到手，辽镇兵马发誓要在山东打出自己的威名来一场辽镇和东江镇旧人的宿命之战由此即将打响