在夺取登州之后，孔有德叛军一方面致书余大化，要求以明廷承认其等在山东的割据为条件，实现和平对此，余大化居然表示愿意以此来息事宁人，只是因为时任山东巡按的王道纯的反对而作罢另一方面又对黄县实施了攻击。
崇祯五年元月十三日，莱州参将张奇功在率领300弱卒和黄县民夫坚守城池两昼夜后，力竭而败，黄县就此失守，莱州危急。
为了救援莱州，也是为了平灭孔部叛乱，明廷急调杨御蕃、王洪、刘国柱三部驰援莱州。
元月二十八日，杨、王、刘等三名总兵官率5000兵马赶到莱州城下设防，然而此时，叛军已经拥有骑兵5000人、步兵10000人，明军总兵力明显处于劣势状态好在，叛军兵力虽众，但尚未完成最后的编组，建制混乱，所以，才没有第一时间对劣势明军进行进攻。
元月三十日，与明军对峙两天，并借此进一步完善了部队编组的叛军开始展开进攻，但杨御蕃部守备严谨，叛军进攻了一个白天也未能攻下杨部的阵地，只能转而以2000骑兵围困和牵制杨部，主力转而攻打王洪率领的天津营。
由于叛军本身装备有大量红夷火炮及其他火炮，再加上有兵力上的优势，因此，打到二月初一那天，王洪部天津营便被叛军击败，而后溃散了。
击溃了天津营后，叛军集中火力攻击杨部军阵，杨部坚守到二月初二也挡不住了，于是杨御蕃便果断发起主动反击，一举打乱了叛军的阵脚，这才掩护己部有序的撤回莱州城内，追击杨部的叛军随后赶到，将莱州城团团包围了起来。
并且随着时间的推移，赶到莱州城下的叛军数量越来越多，一度号称有10万之众，当然，这个数字是有水分的至少在朱由崧的努力之下，东江镇已经比另一时空减少了30000万多辅兵，这就无形中减少了叛军的总数但比起全部只有4000人的莱州守军来说，还是多了太多的。
所以，立足未稳的叛军，于当年二月初五就迫不及待的对莱州城发起了进攻，当适时，叛军箭矢如蝗、炮子不绝，守城明军被压制的根本无法做出有效还击，只能趁着叛军试图登城、后方压制火力削减的机会，实施反击。
正是靠着这样的沉着冷静，守军才屡次挫败了叛军前锋攻城的企图。
第一次进攻莱州城的失败，给一路骄纵、自诩攻无不克、屡战屡胜的叛军造成了很大的心理冲击，所以，直到二月初九才发动了新的一轮进攻，这一次，叛军似乎窥知莱州城内兵少，所以采取了四面同时围攻的策略，但守军众志成城，还是再一次的打退了叛军的进攻。