除了运粮之外，从南方各地征收的赋税，也大多需要从水路运输。
漕运总督专门负责漕运，河道总督负责京杭大运河、永定河、黄河的治理。
当时在朱高煦的建议之下，朱棣将分别设立了南河总督与东河总督。
其中南河总督负责江南水系，东河总督负责山东、河南水系。
换言之，朱高煦现在设立九个都督府，每个都督府设两名总督共掌军事，也是有先例可循。
“刚才太子宣读朕的旨意，诸位臣工可有人没听清楚？”
朱高煦用冰冷的目光扫视着文官班序，不带感情的问道。
众文官皆沉默。
朱高煦于是抚须道：“魏国公、曹国公、历城公、淇国公、成侯、新城侯、宁阳侯听旨。”
徐辉祖等七人躬身出列。
“朕命尔等依照京营新军制，从各省都司卫所及天下郡县，依募兵之制，选拔精锐骨干，组建三十六军，每个都督府下辖四军兵力。”
朱高煦下令道。
所谓的“京营新军制”，即以募兵制为核心，按军、营、曲、屯、哨、队、什的编制来建立的军队。
五人一伍，二伍一什，三什一队，三队一哨，四哨一屯，三屯一曲，四至六个曲组成一个营，三个以上的营组成一军。
一哨额外配有一个骑兵什、一个火炮什、一个传令伍，故而其兵力约一百二十余人。
一屯兵力约五百人，一曲兵力约一千五百人，一营兵力约七千人至一万二千人，一个军约三万至八万常备兵力。
可以说，新军制的一个营，其兵力至少接近于原卫所制的两个卫。
至于一个军的兵力，或许比不上原先一个都司的兵力，但四个军加在一起，那就是至少拥有了十万人战兵。
这是依募兵制选拔上来的精兵，并不是原先世袭的卫所兵。
“按整编京营的新军制，过去的中军大帐改称为司务军帐，简称军部衙署，由戎政提督、副戎政提督坐镇，处理日常公事。”
朱高煦接着道：“军部衙署设有参谋处、抚宣处、军械处、军需处、练兵处、军法处，每处各设一名处指挥使执掌本处事务。各处除了受到本部提督节制外，同时隶属于都督府各司，军部各处受上一级都府各司管理。”
“你们要记住，各都督府衙署必须设有六百人警卫队负责守卫诸位总督，分三队轮流值守。都督府除了与军部、营部、曲部一样，设有书办员、随军医官医士之外，还需设立直属都督府的护卫营、传令曲、军法曲。”
“臣等领旨。”
徐辉祖等人作揖行礼领命道。
依着朱高煦的意思，九个都督府的兵力，将从原先各都司卫所以及天下各地府县之中选拔，寻常百姓可以趁这次朝廷改编军制选择投军。
大明建国初期属于开拓时代，卫所制的优点在于兵农合一，可以解决明初农业生产不足的问题。
乾熙二年已经是大明建国的第五十八年，随着大明全国人丁日益增多乃至翻了一番的情况下，再大范围的施行卫所制，已经变得不合时宜了。
除了北庭、安西、蒲昌、辽东、贵州等新设的行省，应该继续保留卫所制数十年不动摇之外，其他行省应当逐步、计划性地进行兵制改革，逐渐将卫所制用新的兵制替换掉。
他上次就趁着整顿京营之机，把募兵制拿了出来。
事实证明，这样做是顺应时代发展规律的，京营三军的战斗力得到了极大的提高。
朱高煦这次趁着推行巡抚之制，特地把后世的“军区”用“都督府”的形式完成了再现。
九个都督府的新军整编完成之后，他才能进行下一个阶段的改革。