得到他的保证，卢兆麟果真就放手去做了。成立军校，面向西南三省军队招生，以推荐、自荐报名、总督府审查、军校考核的形式予以录取，学制暂定一年。
军校的基础建设交由牧博明负责。找最好的工程队施工，组织民工干活，购买沙石、木材等工程用料，牧博明都交给了许宝山。在川西地界，他就是老大，谁也不敢虎口夺食，看在许兆麟的面子上，许家也不会要价太离谱，这就能够保证工期和工程质量，并且控制成本费用。
消息传开，往卢家、许家送礼拉关系的人川流不息，也有不少托关系找牧博明和卢兆麟，还有走夫人路线，拜会黄氏，甚至到许家找卢兆麟的生母，想要她们从中说项，让自己家也能插上一脚。有的想要参与建设，分一杯羹有的想送不曾参军的子侄进军校读书，将来在军中谋个好位子在的想进军校当教习，以便发展军中势力有的想要成为军校的常年供货商，不求挣钱，只求有个名声，好让家中生意更上一层楼有的想要承揽军校的家具、被褥、文具、军服制作、训练器材等业务总之想法多多，各有图谋，有善意，也有不怀好意。
卢兆麟烦不胜烦，便向卢昊苍要来一个分管后勤的司务长，让他去应付这些人。这位司务长是卢家旁支族人，忠厚老实，很可靠，以前管了十多年后勤采办，一直没出过大错，也不敢乱来。黄氏的弟弟和堂兄弟从前年开始倒卖军需，他坚决不肯配合，不受贿，不分赃，只是太厚道，没有报给卢昊苍。黄氏就想法子将他调开，弄到个没油水没前途的地方窝着。卢昊苍去年底整治了参与倒卖军需的那帮蛀虫后，有族人上下打点，抢先占住位子，就没法安置他了。这时调他来当军校的司务长，有权利，有地位，他自然感激涕零，一来就勤勤恳恳，起早贪黑，很快就把工作抓起来，连牧博明都觉得轻松了些。
卢氏嫡支旁支的族人不少，这些年陆陆续续都来了蓉城，依附于卢昊苍发展。卢兆麟也明白宗族的重要性，因此在安排一些不重要的杂活时优先考虑了这些族人。嫡支自认身份贵重，要面子，旁支就没这么多讲究，厨师、杂工、保洁工等等差事都愿意干，因此军校里的基层员工有不少人姓卢，对嫡支主脉的这位大少爷特别忠心。
卢兆麟一边抓军校班子组建和招生工作，一边仍然在训练自己的那支直属部队，每天只能睡三、四个小时。不过，他有空间，有灵泉，有各种天材地宝。喝两口泉水，吃几棵灵果，他便精神百倍，体力尽复，不再困乏。
就这样忙到六月，凤凰军校已经建设得有模有样。门前竖立着一座巨大的凤凰涅槃雕塑，在火焰中展翅腾飞的凤凰极具神韵，让人一见便陡生豪情。雕塑后面有一根高高的旗杆，上面飘扬着大清国旗黄龙旗，真龙吞日，豪迈夺目。四面围墙，里面有三层的教学楼、宿舍楼、办公楼和大小操场，其间点缀着几个花台。大门上的铭牌“西南第一军官学校”由卢昊苍亲笔书写，银划铁钩，大气磅礴。门两旁的粉墙各有四字，一边是“杀敌报国”，由卢兆麟所书，一边是“英雄本色”，由牧博明挥毫，都锋芒毕露，气势如虹。
第一期总共招生三百人，每班五十人，总共六个班。学员的年龄大小不一，水平参差不齐，有大字不识一个但身经百战的中年将领，有饱读诗书却投笔从戎的年轻佐领，有剽悍勇猛的老校尉，有聪明机智的小菜鸟，有将门虎子，有穷苦平民，有的来自羸弱混乱的绿营、团练、乡勇，有的出自刚刚编练好的新军。他们都有共同的特点，忠心，爱国，坚毅，勇敢，爱学习，肯钻研，身体素质好，脑筋能转弯。全是好材料，只要用心打磨，必成大器。
根据卢兆麟的建议书，卢昊苍着手修改兵制，取消绿营、团练、乡勇，统一新军编制，改镇、协、标、营、队、排、棚为军、旅、团、营、连、排、班，每一军都有完整建制，均可独立作战。正役之外还有预备役，平时半军半民，训练不缀，战时可根据情况随时征召入现役。
他们这边各项事宜正进行得如火如荼，长江中下游地区却阴雨连绵，湖南各地堤岸溃决，洪水肆虐，造成四万人死亡，四十余万人受灾。湖广总督张之洞一边飞报京城，一边四处筹粮筹银赈灾，同时派人赶到蓉城，向卢昊苍借粮借银借药材，赈济灾民。
卢昊苍立刻调集一批粮食和药材运往湖南灾区，银子却实在挪不出来，只拨了五万两过去，暂时应急。
西南多江河，卢昊苍下令金沙江、大渡河、嘉陵江、长江及其支流水系沿岸各地官员立即检查辖区内河堤，该补的补，该修的修，若是遇到洪水决堤，必严惩不贷。
百忙之中，凤凰军校举行了隆重的建校典礼，正式开学。