结束了在史顿镇的神奇宝贝进化庆典和进化石系列神奇宝贝对战以后，小茂和小凝告别了所有人，踏上了旅行的步伐。临离开史顿镇之前，小茂将已经进化完成的风速狗，尼多王和尼多后传送回了大木博士的研究所。取而代之的是自己主力当中还没进化完成的勇吉拉以及之前在野生原野区收服的幽灵系的鬼斯和超能力系的素利普。
“迷唇姐，用影子球！”“素利普，用幻象光！”离开史顿镇的这一路上，小茂和很多路过的训练家展开了神奇宝贝战斗。与此同时，输给了阿洛以后，小凝也是重新拾起了对于神奇宝贝实力进行培养的决心，一路上在照顾年幼的胖丁和皮卡丘的同时也不断参与着神奇宝贝战斗。
“这里就是黑暗市嘛？我记得之前还说这里的人口终于超过了20万要兴建神奇宝贝道馆了。怎么现在这么冷清啊？”走了差不多2天，小茂和小凝来到了一个非常冷清的城市。小茂一边看着自己手中的地图，一边抱怨道。“本来还想看看来不来得及来挑战这里的道馆的。”
“是啊，马路上又没有人又没有神奇宝贝的，到底什么情况啊？”小凝望着萧条的街景，也发出了疑问。
“当心！”也就在这个时候，几颗小石块朝着小茂和小凝射了过来。虽然说小茂马上挡在了小凝的身前，挡下了小石子，但是又有几块石头从斜上方打了过来，还是砸中了小凝。
“别跑！素利普，用幻象术！”只不过这几发石头也让小茂发现了房顶上的那几个小孩。小茂随即抛出素利普的神奇宝贝球。素利普一出来就使用幻象术抓住了那几个还来不及跑开的小孩，几个小孩被幻象术控制着慢慢落到了地上。
“讨厌的训练家，快点离开我们黑暗市！”几个小孩当中一个看起来是领头人的小男生一落到地上就冲着小茂喊道。
“原来如此，你们是因为讨厌神奇宝贝训练家才攻击我们的吗？那这样的话我现在讨厌你了，我也要攻击你咯？素利普，再来一次幻象术！”听到那个小孩的话，小茂一边笑着一边说。
“啊啊啊啊！不要啊！”素利普也懂了小茂的意思，控制着让几个小孩微微离开了地面。几个小孩立刻大哭了起来。
“对不起啊，这位小哥还有这位小姐！”立刻，在房屋里面的人似乎听到了屋外的动静，一个店主模样的人立刻跑了出来，冲着小茂赔不是。“这几个小孩打扰到你们了，请你们高抬贵手啊！”
“我也不会真的认真啦。”小茂也微微点了点头“如果真的认真的话，我直接指挥素利普用十万伏特岂不是伤害更大。”
“那就谢谢这位小哥了。这几个孩子给各位添麻烦了。我就替他们请各位来我的餐馆好好吃一顿来赔礼道歉吧。”那个男人似乎也是知道这一切的始末的。看到小茂马上指挥素利普放下了几个小孩，他也立刻道了歉。小茂和小凝见到这样，也没有多推辞，跟着那个男人走进了店里。
“哼！”一进店里，那几个小孩也肆无忌惮了，冲着小茂大声哼了一下就跑上了二楼。
“这位大哥，黑暗市最近什么情况啊？”小茂被这一哼也哼的一头雾水，冲着来上菜的店长问道“怎么这些孩子都这么讨厌神奇宝贝训练家啊？”
“唉，说来话长了。本来黑暗市还挺和谐的，结果联盟那边要在黑暗市建立道馆的通知一下来就变了。卡兹道馆和亚斯道馆的人马上就分成了两个阵营，都向让自己的非正式道馆变成正式道馆。”店长一边摇着头，一边坐了下来“之前他们还挺低调的，结果最近君沙小姐又出差了，他们两边就猖狂起来了。大白天都在马路上群殴，搞得黑暗市人心惶惶的。”
“原来如此啊。”听到店长这么解释，小茂也不再多说什么。小凝坐在一边也是摇了摇头。
“今天一定要把卡兹道馆的人打倒！”“亚斯道馆的人！今天就是我们霸占黑暗市的日子了！”正当小茂和小凝吃饱喝足的时候，外面又传来了打架斗殴的声音。
“这可丢人了！”店长这时也赶快将窗帘都拉上“我们黑暗市的居民现在大白天都不怎么赶出门。”
“小茂，都吃了店长先生的饭了，我们也别坐视不管吧。”看到店长这样，小凝拿出了一颗神奇宝贝球，起身站了起来。
“没错啊。店长先生，你就在店里看着好了。楼上的孩子们，今天帮你们改善生活结束以后，可千万不要再讨厌神奇宝贝训练家了啊！”小茂笑着也站了起来，随即不顾店长的阻拦走了出去。
“飞天螳螂，用一字斩！”“电击兽，用雷光掌！”马路上果真在群殴。其中为首的一只飞天螳螂和电击兽一次又一次冲撞在一起。
“我说二位，道馆训练家可不像你们这个样子吧。看看你们的实力也通不过考核啊。”小茂看着冲撞在一起的两只神奇宝贝，大声地喊道。
“你这个小鬼，别给我废话！躲一边去！”听到小茂的话，飞天螳螂的训练家马上破口大骂了起来。