挑战完了尼比道馆以后，小茂带着小凝回到了神奇宝贝中心，拜托乔伊小姐恢复叶藤蛇和杰尼龟的体力。
“嗯好的，我就收下他们俩了。”乔伊小姐也是笑着收下了杰尼龟和叶藤蛇的神奇宝贝球。
“小茂，难得来一趟尼比市，我们也别一挑战完道馆就走吧。尼比市的博物馆可是全关东闻名的，而且据说里面还有神奇宝贝的化石哦！”小凝这个时候也是认真地对小茂说。
“我想一想啊，从这里走到月见山要走半天，如果现在就出发的话估计就得在山洞里过夜了。那行，我们就歇一天再走。”小茂也是答应了下来。
“那我们去博物馆吧！”小凝这下也是开心了起来。等乔伊小姐回复完两只神奇宝贝的体力以后，两个人便走到了尼比市的尼比博物馆。
“欢迎来到尼比博物馆。”到底是全关东闻名的博物馆，小茂和小凝一进博物馆，就有工作人员给小茂和小凝递上电子导游，随后将两人送入了专门的展区。
“这里是尼比博物馆的海洋区。在这个世界刚刚形成的时候，全部都是海洋，因此，水系神奇宝贝可以说是所有神奇宝贝的鼻祖。但在不断地进化过程当中，大地的守护神固拉多出现了。在那时，固拉多在世界各地到处行走，许多陆地才出现。而在此之前，历史也是在海洋当中留下了无数的痕迹。”最开始进入的就是海洋区，小茂和小凝的四周有各种神奇宝贝的化石。
“你看，这是菊石兽的化石。那边还有镰刀盔的化石！”小茂这个时候也是展示出了自己的知识，指着一个又一个化石对小凝做出了介绍。
“你看，那边还有多刺菊石兽。而且那里，还有古空棘鱼的化石。据说那种神奇宝贝到现在都还存活着哦。听说之前就有人在芳源地方看见过那只神奇宝贝呢。”小凝也是从另一边给小茂做了介绍。
“参观完海洋区的客人，我们往左走，进入陆地区。刚刚我们介绍过，由于大陆的守护神固拉多在世界各地到处行走，创造出了陆地，我们所存在的这个地球也从之前只有海洋变成了陆地和海洋并存。在这样剧烈的地质变化以后，许多之前都在水里生存的神奇宝贝都进化变成了水陆两栖，最好的例子莫过于菊石兽系列的神奇宝贝还有化石盔系列的神奇宝贝。当然，在这个过程当中也进化出了一些只在陆地上生存的神奇宝贝。与此同时，类似于古空棘鱼之类的神奇宝贝也是选择了继续留在海洋里，没有进入陆地生存。”等小茂和小凝在海洋区停留了30分钟以后，电子导游也是给小茂和小凝指路，带领他俩走进了第二个地区，陆地区。
“小凝你看！那个好像是叫神秘玛瑙，听说那个玛瑙里存在着古代的神奇宝贝。”小茂看到一旁橱窗里的神秘玛瑙，也是把整个人都贴了上去。
“哎哎，注意点形象啊！”然而小凝则马上冲上去把小茂从橱窗上拉了下来“听说那里面的神奇宝贝是化石翼龙，据说是古代天空的霸主。”
“听名字就很厉害，真想和他对战看看！”小茂这个时候也是露出了憧憬的样子。
“说得好啊，少年！”这个时候，一个身着研究服的长者也是走到了两人的身边“就是因为有你们这些人的向往，我们这些研究者才有继续研究这些古代的化石神奇宝贝的动力。今天我听到你们两个能有这样的想法真的是太感动了。来，我带你去看看传说中神秘的化石神奇宝贝复活机器。你们就叫我托特博士吧。”
“那就谢谢你了，托特博士！”小凝这个时候也是只能礼貌的应了下来。
大约从陆地区走了五六分钟左右三个人进入了一个类似于研究所模样的地方。三人的周围站着许多穿着研究服的专家。他们或三两成群在一起对着报告，或独自一人对着显微镜观察化石。
“你们看，这些就是我们日常做研究的地方。除了试着研发化石神奇宝贝复活机器以外，为了让那些复活了的化石神奇宝贝能更好的留在这个世界上，我们还在研究他们那个时代的蔬果之类的还有具体的自然环境。托特博士一边走，一边对着两边指指点点，向小茂和小凝做着介绍。
“原来这么复杂啊，我还以为只要复活那些神奇宝贝就好了呢。”小茂这个时候也是惊呼了起来。
“那是当然，而现在在你们前面的这个巨大的机器呢，就是化石神奇宝贝复活机器了。目前，从理论上，如果我们将一块神奇宝贝的化石放进这个机器当中，等到机器开始运作之后，大约再过24小时，这只神奇宝贝就能够被复活了！”大约又走了2分钟，三人的眼前出现了一个巨大的机器，托特博士也是非常激动地向两人做了介绍。
“只不过，从今天开始，这个机器就要被我们火箭队留下了！”然而这个时候，一个充满恶意的声音响了起来。
“什么！？不可能！”托特博士也是立刻激动了起来。
“既然你们诚心诚意的发问，”
“普通人是不会回答的，
“这次就特别破例回答吧。”
“为了防止地球被破坏，”
“为了保护世界的和平，”
“贯彻爱与诚实的邪恶，”
“漂亮又诙谐的反派角色，”
“亚马多，”