在讲完礼部的事情后，下面便是户部与工部了。
可以说这两个部门的改革，才是今日的压轴戏。
但与礼部不同的是，由于朱由校之前的改革。导致现在户部与工部的许多部门已经设置好了，现在只不过是将其执掌的部门略微有些调整而已。只见他缓缓说道：
“户部的话，朕倒是同意你们在题本中的提议，可以增设一些部门。不过财税一事过于重要，不可不重视，再加上现在又有关税、矿税、商税等一系列税法，因此现在调整起来要慎之又慎。按照朕的想法，就是在户部十三清吏司以及四科的基础上进行扩充与更易。”
明清时期户部掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜，可以说任务十分繁重。其内部办理政务按地区分工而设司，各司除掌管本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部份庶务，职责多有交叉。
但正如朱由校之前说过的那般，明代的户部虽然看起来很厉害，貌似大明所有关于钱的事情都是跟户部有关系。
但实际上，户部的职权远没有想象的那么高，甚至从某种程度上来说，他的职权低的可怜。
其说白了只是一个大明的会计部门，他只是负责统计大明从府县、布政司再到中央六部九卿的所有账目，然后按照账目上的数字进行发文拨款，而其他部门再根据户部的发文调拨银两。
所以就会出现一个很有意思的现象，由于户部只是能统计，但不能掌握真正的大明税赋财产。
因此每当他要调拨粮草的时候，许多地方府县或者是其他五部虽然有钱，但是它们不想花钱，就四处搪塞推托。要么就说没有不给拨，要么就是欠着，导致许多财政拨款到最后都不了了之了，欠饷、欠费问题严重
听到皇帝如此说，众人瞬间就来精神来，特别是户部尚书毕自严更是望向皇帝，唯恐漏掉皇帝的任何一个字。只见朱由校不紧不慢的说道：
“户部十三清吏司掌管仓场、私盐税、关税，监管各省与户部相关事务。只不过如果通过十三司负责各布政司事务太过于繁琐。
“宝钞提举司与宝泉局一事，朕准备单独设置机构管理，此事跟工部有关系，朕待会单独嘱咐。
“陛下，户部如此规划有条有理，臣觉得并无不可，只不过臣有些疑惑，还请陛下示下。
五为度支司，此司负责统计、检查大明每年户部仓储银两、粮草、制定朝廷每年的度支计划等等。”
二为财政司，此司主要负责财税一事，比如夏税、秋粮的征收、运输以及拨发。还有就是各种赏赐、俸禄、管理地方留下的税粮，追赃罚款收折。
三为商务司，掌管海外贸易、中外互市商船、《保护商税条例》的执行、鱼、盐、茶叶、关税、矿税等事情。
因此朕想着是在十三清吏司的基础上，以户部四科为蓝本，设置五司：
一则为民政司，掌管地方上的地理、人物、图志、事物事物发展变化的历程、山川险阻平坦、土地肥沃贫瘠。并且在南京的鱼鳞图册交由民政司负责。