其中最著名的便是万历三年，张居正制定十八条措施整顿学风，其中就有一条是禁止创建书院。
他给出的理由很简单，读书就要到官办的学校读圣贤之书，各州府县学比比皆是，为什么要私自办学聚集论道？私自办学，妄议朝政，罪不容赦。
也正因如此，当年张居正禁止书院就是杜绝讲学之风。
此话一出，众人心中略微惊讶，他们没有想到皇帝还有这个心思，不过这个消息属实不错。
尽管张居正死后，这个政策也不了了之了。但经此一事以后，也让之前兴盛的书院之风，顿时有些偃旗息鼓了，直到东林书院的出现。
更有甚者，一些官员利用开办书院讲学来谋取私利，给行贿受贿、贪赃枉法披上风雅的外衣，对朝廷风气的危害巨大。
而朱由校也不墨迹，他稍作停顿略微整理了下思绪，随后徐徐开口道：
因为现在大明虽然书院众多，但实际上自张居正改革以来，大明朝廷其实并不喜欢书院，甚至还屡次禁止书院。
特别是他现在想要发展“实学”，以后更是要推崇科学，发展科技就更离不开学校进行教育与推广。
“其中科举一事，朕还想着让礼部仪制清吏司执掌。不过现在朝廷革新学制，改制国子监。
“那下面朕就说说朕的看法，诸位爱卿可以听下，如果有不同的意见或疑惑，完全可以提出来。那就以礼部开始吧。”
在学而优则仕的时代，有能力讲学者大多不是在任官员就是离任致仕的官员。他们为了腾出更多的时间来讲学，干脆就在书院忙里抽闲处理政务。
但朱由校心里清楚，书院虽然有种种弊端，如果一味禁止是绝对不好的，毕竟事物发展堵不如疏。
在场众人一听这话，心中就暗暗觉得有些不妙。但朱由校的话语并没有停止，只见他继续说道。
礼部尚书孙慎行第一个站出来同意，在他看来这是不可多得善政，皇帝此举做的可太对了。
诸人闻言当即打起精神，望向御座上的皇帝，想要听听皇帝的说法。
久而久之，书院已经成了讲学者们各抒己见，争论不休乃至党同伐异的场所，朝中大臣结党之风盛行。
自王阳明振兴心学以来，他所倡导讲学活动本来是要打破僵化的程朱理学、重新找回人的价值，却逐渐走向了空谈。
而这些仅仅是依靠朝廷的学堂是行不通的，因此他必须要借助私人学院或者学堂的力量。
因此对于他来说，允许创设学院只是第一步，关键是如何让书院按照自己的想法进行发展、讲学。
而这一点，他早就想好了。