众人闻言皆默，皇帝的忧虑自然不无道理。
西南土司一直都是大问题，其虽归顺朝廷，朝廷也在其辖地设置卫所，以作监视。
但他们本就是本地土司，也握有兵权，有各种特权，拥有军队，甚至私设监狱、自定规章法令，很容易跟当地官员勾结，对朝廷阴奉阳违。
如果放在在平时，朝廷睁一只眼闭一只眼也就忍了。
但现在建虏在辽东逞凶，如果再任由西南土司如此为非作歹，不听号令，再来几次播州之役跟奢安之乱，朝廷就是家底再厚也受不了。
朱由校看着众人闻言都低头思量，估计也是在思考该怎么办。
于是拿起朱燮元关于水西安氏等叛乱土司如何安置的题本，对着众人说道：
“这一点不仅朕想到了，朱燮元也想到了。他的题本你们也都看了，朕看他里面有些建议不错。
虽然有些建议跟之前处置播州的措施差不多，但也可以拿过来用，只不过有些方面需要商榷完善，这也是朕把你们叫过来商量的原因。”
朱燮元的题本内容，刘一燝等人自然都看了，可以说他们不仅看了，刚才还在文渊阁一起商议了此事。
他们也觉得确如皇帝所言，朱燮元的许多措施借鉴了之前对播州的处置方法，但有朱玉在前，他照办也无可厚非。
当年朝廷平定播州后，就挟大胜之势，在播州废土司，将播州地方拆解为二，分别设立遵义府、平越府，分别归属四川、贵州管辖。
同时在播州各府、州、县举行乡约，建社学，各地开创书院大兴讲学之风，大力推行儒学教育。另外还丈量土地、编户齐民、收缴赋税、设置屯卫、鼓励屯田、设置驿站，修建道路等等，不可谓不细。
因此朱燮元对于水西的处置建议也分为六点。
其一就是改土归流。
水东宋氏势力最小，只有开阳、乌当两地。这两地都在贵阳以北，并且距离很近。因此他建议直接废掉水东宋氏，把开阳跟乌当二地设县，由朝廷直接管理。
而水西安氏的情况则与水东宋氏不同，其土地广阔，世长水西，共一千四百余年。其在水西根基深厚，兵力最强，地域最大，以往西南平叛，明朝无不依靠水西。
哪怕这次朝廷平定水西安氏的叛乱后，也不能一下子根除水西安氏的影响，再加上安邦彦之子安武功还逃脱在外，因此他建议对其采取怀柔并用的措施。
一方面趁此机会水西各地，无论是水外(贵阳以西，谷里县以东的地区)，还是水西本地的织金关、那威官寨、织金、金沙等地，都改土归流。
将水西之地分为设置大定、黔西、平远、威宁四府，全部归贵阳布政司统治，并且在四府设知州一员、兼寄军民、负责理赋税以实边、理辞讼以息事，兴学政以敷教。
另外再在水西设置卫所屯兵，作为监视管理，以防止叛乱。
但考虑到水西之地太大了，有些地方土司势力根基深厚，如果一下全部改土归流很容易再激起叛乱，特别是水西安氏，虽然伏诛，但其世代在水西为官，如果用他们的旗号协助统治还是很有用的。
因此他又提出了第二条建议，便是众建土目而少其力。
所谓“土目”就是土司佐治官，说白了就是土司的手下。在土司管辖的地区，土司就是依靠各种各样的土目官进行管理跟统治。
所以朱燮元建议，对于水西地区，要瓦解水西安氏的威望跟统治，最好的方法就是从这些人着手。
他建议选用水西安氏不要灭族，而是选一年幼支脉继任水西宣慰使的职位，居住于贵阳城，不得随意外出，更不得回土司。
同时让官军继续横扫水西，清剿荡逆，同时大量提拔归顺朝廷，之前里应外合、向朝廷通风报信、输送粮草的水西本地的寨主、小族族长为当地的土目官。
他们只需要接受本地流官管辖，每年向朝廷缴纳赋税、输送兵源即可。只要如此朝廷就允许他们世袭罔替，代表朝廷统治本地。
在朱燮元计划里，要在大定、黔西、平远、威宁四府一共设置二百多个土目官，数量极其庞大。