随着孔有德的叛军占据了登州，东江镇余部迅速响应，大量东江镇士兵与东江军将士的家属渡海而来，登陆登州，加入叛军的行列，叛军的队伍迅速扩大。
到了崇祯五年四月，短短不到一个月的时间，孔有德部连续攻陷蓬莱县山东省烟台市蓬莱区、黄县今山东省烟台市龙口市、栖霞县今山东省烟台市栖霞市、招远县今山东省烟台市招远市、莱阳县今山东省莱阳市、莱西市、福山县今山东省烟台市福山区、芝罘区、文登县今山东省威海市文登区、环翠区、荣成县今山东省荣成市、海阳县今山东省海阳市和乳山市西部共九县和宁海州。
在这个情况下，原担心被朝廷知道后，会处理他的孙元化，终于品尝到了自己酿下的苦果，在孔有德爆发叛乱之时，孙元化并没有立即上报，他是命令山东总兵张可大调集兵马镇压，然而却给了孔有德迅速扩张的实力。
与历史上的孔有德叛乱不同，这一次的叛乱虽然也仓促起事，受刘明遇的影响，原本贫困不堪的东江镇有了启发，孔有德这伙叛军占据登州以后，利用渡海而来的工匠，开始将那些缴获的武器、镣铐之类的东西全部熔了，重新打造武器，准备迎接接下来的大战。
从叛乱成功以后，孔有德就学习了大宁刘明遇的发展模式，当然也有东江镇的特色，刘明遇是组织百姓办农场，而孔有德则是将土地直接分配给东江镇将士的家属。原本一直不受朝廷待见的辽东百姓，第一次拥有了真正属于自己的土地，房屋和牛羊。
由于东江军受够了朝廷文臣对他们欺压，不是克扣军粮，就是故意延迟军粮的调拨，这让东江镇很多将士饿死或家属饿死。他们非常痛恨文臣和士绅，在他们占领登州府期间，把登州府的土豪劣绅抓起来，打开他们的粮库，分发给东江军将士。
原本这场叛乱以东江军将士以及东江军将士家属为主，看着叛军把登州府的土豪劣绅挂在树上，家产充公，这些与士豪劣绅的山东百姓也纷纷加入叛军行列。
等张可大率领山东军安东卫七个卫和宁津等四个所共计两万余人马杀向登州府西北的黄县时，孔有德部麾下已经拥有十余万人马，其中山东本地百姓超过一半。
在张可大准备进攻黄县的时候，孔有德麾下悍将李九成主动出击，率领九千余名山东响马以及八百余名东江军组成的万余骑兵部队，一举冲跨张可大麾下两万余大军。
这场大败，让孙元化认清了现实，也让朝廷迅速做出了反应，不过这个时候，时间已经到了崇祯五年的六月底。
对于孔有德将战争缴获的一半分给百姓，引起了东江镇将领耿仲明、尚可喜以及李九成人的激烈反对：“凭什么，兄弟们拼死累活打来的田地和粮食，凭什么分给这些百姓，他们什么也没有干？”
“眼光要放长远一点！”
孔有德叹了口气道：“你们看看冠军侯，他为什么部队越打越强，装备越打越好？因为他自己吃肉，总会给老百姓一口汤喝，在这种情况下，支持冠军侯的人非常多，他的兵死了一个，可以招募十个，一百个，我们可以学冠军侯，到时候咱们打下整个山东，甚至是河南还有整个天下，到时侯咱们说不定还能坐上皇帝老儿的坐位，你们诸位都是开国功侯！”
有刘明遇这个现成的例子，刘明遇这两三年一直在扶持东江镇，甚至移民了很多东江镇的百姓，他们很容易得到大宁的发展情况与模式。刘明遇不仅仅给百姓工作，给他们饭吃，还给当兵的士兵盖房子，发放大量的赏赐。
以后的日子里，孔有德所部的叛军再也不会把士绅直接杀死，而是把他们抓起来，像大宁审判贪官或士绅一样，进行公审。很快就获得了更多山东百姓的支持。
经过一个多月的准备，崇祯五年七月初六，孔有德在登州是正式举旗，举东江镇原总兵官毛文龙有奉天讨逆大都督。他自认奉天讨逆军兵马都元帅，耿仲明为右先锋大将军，尚可喜为左先锋大将军，李九成为前锋大将军，毛承禄为中军大将军。
奉天讨逆军总兵力共计十二万人马，这其中还是孔有德一再精心筛选兵员的结果，要是放低一点门槛，三十万人都不止了。
随着朝廷大军没有抵达，孔有德所部李九成连陷临邑、陵县、商河、青城诸城，直逼天津，尚可喜所部则横扫莱州府，耿仲明横扫青州府，孔有德本人更是进逼济南府。
一时间整个山东六府，连陷三府二十八县，叛军声势大振。
在这个时候，崇祯皇帝还希望朱大典可以平定山东之乱，然而到了八月，朱大典兵败，三万余大军撤到吴桥的仅仅只有不到八千人。
面对官员的咒骂，士绅的哭诉哀求，都让他压力山大，他再不平定这场叛乱，恐怕山东就沦陷了，更可怕的是，随着叛军包围济南府城，隔绝了大运河，京城的粮食价格一日三涨。
虽然刘明遇极力避免吴桥兵变，因为这场叛乱对山东的破坏实在太严重了，不仅将辽东战场的大后方登莱打了个稀巴烂，百姓被屠戮无算，更给建奴送去了大批他们最为紧缺的兵员和工匠。
皇太极笑纳了这份大礼，一点都没有浪费，孔有德所部被编入汉军旗，那些工匠也受到重用，专门负责为建奴铸造火炮，明军失去了最后一点优势。
待到满清入关时，清军的火枪火炮不管是质量还是数量，都对明军形成了压倒性优势，几乎不费吹灰之力便击败了李自成所率领的农民军，扫掉了苟延残喘的南明小政权，最终统一了天下。
刘明遇担心这个后果，他派徐猛在前往山东招募士兵的机会，假扮响马，处理掉了王象春，然而，历史有着强大的复原性。东江军还是走向了反叛的道路。
事实上，冰冻三尺非一日之寒，一些事情刘明遇也无法改变。自从袁崇焕杀了毛文龙，东江镇以毛文龙为首的毛系将领，就对朝廷离心离德。因为毛文龙是在朝廷放弃辽东的时候，建立东江镇，笼络那些被建奴屠戮的幸存辽东百姓，在东江镇眼中，朝廷算上屁，毛文龙才是东江镇的主心骨。
夜已经很深了，崇祯皇帝却全无睡意，还在看奏章。
当然，他的心其实不在奏章上了，而是浮想联翩。他知道刘明遇在大宁过得是什么日子，刘明遇不是到工厂里转着玩，就是到学校当老师，或者是吃喝玩乐，连军营都是十天半月才去一次。