明弘光二十二年七月二十四日，朱由崧颁布旨意，留元孙朱和塽监国，自己则在太子朱慈焈及内阁首辅马士英的陪同下，北上顺天府聚会蒙部王公。
是的，按照惯例，陪同朱由崧和朱慈焈北上的可以是任何一个内阁大学士，但绝不可能是内阁首辅马士英这个统揽全局的大学士，然而为了避免恋栈不去的马士英，在朱由崧和朱慈焈都不在南京的时候，做出某种错误的抉择，朱由崧特意安排马士英跟自己一起北行，阁权暂时由按计划、稍后会将出任首辅的次辅孙传庭代行。
马士英深知朱由崧对自己的忌惮，也知道两位帝皇交接之际的局势紧张，所以不敢以包括立刻辞职在内的任何方式反抗，乖乖的随着朱由崧和朱慈焈前往了北京。
不过朱由崧原本计划是与朱慈焈坐东洋水师快船北上的，但考虑到马士英已经76岁了，不耐远航，所以，最后一行人还是以内河游船加马车轮替的方式，在数千京营官兵的护卫下，途径江北、山东、畿东等道境内，以日均30公里的速度，赶往北京。
当年九月初五，朱由崧父子并马士英到达北京。
抵达北京后，朱由崧和朱慈焈父子前后花了四天时间接见各地蒙部王公及大明控制区内的一众呼图克图。
待完成了逐一接见和安抚蒙古高层、藏密高层的工作后，当年九月十一日，根据钦天监天文司及一众藏密大师联合测算的吉日原本朱由崧是钦定八月十五日进行蒙古大汗的禅让仪式的，但因为换了出行方式，导致抵达北京的时间太晚，错过了之前选定的吉日，所以就只能重新测算合适举行大型仪式的时间点了朱由崧于北京天坛举行了传位仪式，正式将蒙古大汗汗王传给了太子朱慈焈。
当天，与会的蒙古各部王公及一众藏密大师上血书向朱慈焈效忠，并为朱慈焈奉上了布伦阿木古朗汗用牛角号吹出天下太平的君王。
至此，大明对蒙古各部的统治权在名义上，顺利的转移到了下一代君主手中由于朱由崧的禅位在整个大明历史上也绝无仅有的，所以，朱慈焈可以说是大明历代君主中，唯一一个先登临蒙古大汗之位再继承大明皇位的皇帝，其余历代大明君主、包括首创以汉人皇帝之身担任蒙古大汗的朱由崧在内，都是先继承了大明皇位，才稍后举办忽里勒台大会仪式，由属明的蒙古王公“推举”为蒙古大汗的。
禅让汗位仪式结束后，送走了一干蒙古王公及藏密尊者，朱由崧和朱慈焈、马士英等人原路返回，最终于十一月一日，回到南京。
时间一天天的过去，岁末终于不可阻挡的到来了。
弘光二十二年大年三十的当天上午，朱由崧在南京紫禁城举行大朝仪，最后一次接受了百官朝拜。
午饭后，朱由崧携朱慈焈前往孝陵祭殿太祖洪武帝，并在洪武皇帝的享殿前进行了禅位仪式，将大明皇位传递给了太子朱慈焈，自己退位太上皇。
禅位仪式结束后，朱慈焈前去祭拜太庙、天地坛、奉先殿，并在大善殿接受了百官朝贺及册封皇后太子，而朱由崧则和太上皇后黄氏等从乾清宫搬出，搬入了以原本西宫为基础好翻修而成宁寿宫根据朱由崧于朱慈焈的约定，在朱由崧迁居北京之前，朱由崧的嫔妃们居住在南京紫禁城的西六宫，而朱慈焈的嫔妃们居住在南京紫禁城的东六宫。
当天晚上，朱由崧和朱慈焈这两代君王及新任皇太子朱和塽同时出现在承天门城楼向南京百姓展示父慈子孝、祖孙三代圣圣相承的一幕，但弘光朝在子夜钟声敲响后，已经悄然结束了，第二天天亮后，便是兴泰元年了。
不过此后，朱由崧的生命还存活了15年之久，并在大明灭亡青海和硕特、建立乌斯藏都司的过程中，以及第二次明莫卧儿战争中都起到了主导的作用。
此外，朱由崧还看到了大明第一艘铁肋木壳的明轮蒸汽船在大明沿海的成功试航、看到第一艘铁肋木壳的暗轮蒸汽巡洋舰的顺利入役，看到了蒸汽动力机在大明境内的广泛运用、看到了第一代试运行的大功率直流发电机的投产，也看到了马拉轨道列车在全大明的铺开建设，唯一可惜的，朱由崧没等到合适运营的蒸汽火车头的研制成功！