对于满清的再次求和，明廷内部果然有不同的意见。
其中赞成者认为，明军已经打得够远了，再往西征，后方补给的压力太大，国家实在没有财力支应，还是见好就收吧，只要满清保证不越过鄂尔噶汗山喀喇莽鼐岭和托和尔山西萨彦岭阿尔泰山东进，便可以接受其去帝号向大明臣服的要求。
而反对者认为，满清一贯言而无信，且虎狼成性，因此一旦停止对满清的攻击，其国必然迅速恢复元气，不久又会重新成为大明的边患，扰得大明边疆不宁，所以，现在应该“宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王”。
正当赞成和议者与反对和议者针锋相对，谁也没办法说服谁的时候，弘光十八1662年的夏天到了，这个夏天，天似乎漏了，黄河、长江、淮河、珠江流域相继暴雨灾，大半个中国随即泡在了水中，虽说黄河改道工程刚刚完成、淮河下游也有了东向的灌溉总渠和南向的新三河联通长江，算是有效的分流了黄淮地区的水势，减少了黄淮中下游水患，但淮河上游和长江沿线、珠江沿线还是出现了大规模的溃堤和水侵，数以万计的百姓被洪水吞噬，另外数百万大明子民被迫流离失所。
好了，什么都别说了，全力救灾吧，朱由崧立刻命令刚刚验收完黄河改道工程及帮宿迁、开封马拉列车轨道奠基的太子朱慈焈前往灾区巡视，并随后调拨了三百万银贯的救灾款及另外价值三百万银贯的粮食给予各灾区。
同时，朱由崧还明命各地巡按、东厂、锦衣卫盯住救灾过程，避免有人侵吞救灾钱粮及趁机逼迫流民成为大户的奴仆和附庸。
除了就地救灾外，朱由崧还趁机以官府组织的形式进行了大规模的移民，将长江、珠江流域的受灾百姓迁移到黄河以北及安南等地多人少的地区安置，而黄淮地区的灾民则被迁往了辽宁等东北各道，置于海外各藩也趁机抢人，将至少十几万灾区百姓分流到了海外，也算是有力的动摇了大明南方的人身依附关系，一定程度上重创了南方多地的地主士绅阶层。
是的，朱由崧没有能力阻止地主士绅们兼并土地，就只能釜底抽薪将无地少地的百姓迁移出去，籍此压迫地主士绅们为了挽留劳动力而不得不减少对贫民的经济压榨。
当然，朱由崧也是顺势而为，所以，举国上下交口称赞太子在救灾中的表现的时候，南方地主士绅就只能哑巴吃黄连，有苦说不出了。
不过，救灾也好、移民也罢，是要花大钱的，所以，大明同时期就没办法维持对满清的继续压迫了甚至连朱由崧设想的对俄国的进攻，也不得不暂时作罢于是乎，大明朝堂上支持与满清和议的声音便逐渐占据了上风。
当年七月十三日，南京鸿胪寺奉旨发报给昆坚行都司鸿胪分寺，允许其与满清进行和谈；七天后，满清朝廷得到了大明准予议和的消息，当即派遣多罗贝勒爱新觉罗·巴尔堪为首的代表团前往已经被明军攻占的喀拉库尔堡进行和议。
七月二十九日，明清和议正式开始。
会议伊始，署理昆坚行都司鸿胪使、大明谈判团团长的丰云山便向巴尔堪、祁充格、宁完我等满清谈判代表提出八项要求：
其一，顺治皇帝去帝号，改称国主或国王；
其二，顺治皇帝派皇子为人质，入质大明；
其三，满清派遣亲王一级宗室前往南京告罪；
其四，满清后续国主、国王的继承要得到大明的批准
其五，大明将在满清国内设置监国使，以防止满清日后再有针对大明异动；
其六，满清立刻向大明赔款三千万两白银，且日后每年向大明年贡三百万两白银或等值的马匹牛羊及其他货物；
其七，满清守军后撤五百里，将西萨彦岭阿尔泰山之间山地全部移交大明控制；
其八，今后满清不得与大明附属的藩国发生任何冲突。