虽然明军还没有攻占安南的镇安府，虽然红河流域、朱河流域还有大量安南军民在武装反抗，但接到阮氏一族及阮主主要部将已经登船前往广州的电报后，明廷还是立刻对外宣布已经收复了原安南承宣布政使司全境，并在稍后做出了分割安南的决定。
根据这个决定，大明首先与恢复占城国号的占婆签署了一份以茶曲河及其支流为明占两国接壤地区东段分界线的划界条约，并约定在进行必要的勘界后，签署一份关于明占两国西段边境划分的条约在明占西段边境线确定后，明占两国还要分别与澜沧王国勘定边境线、签署相关的边境界分条约。
在依照事先约定将茶曲河以南归还占城后，明廷接着将茶曲河以北至原明安边境以南的安南国土一分为三，设立了交趾、九真两个道及日南都司等三个一级行政区。
其中交趾道下辖河内、海阳、宁原即原安南太原、北宁、北江等地、谅山、西池即原安南山西、越池、和平等地、南定等六个府，首府为河内府。
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九真道下辖清化、荣州、顺化、会安、镇安尚不在大明控制之下等五个府及西原直隶州属于明、占、澜三国尚未议定的待划界地区，首府设置于兼顾全道南北的荣州府。
日南都司则下辖宣光、河江、高平、北??、老街、安南莱州等地及拾宋早再山以东、黑水河李仙江河谷等原安南西北山区内一众土司大明虽然同意宣光武氏、高平莫氏扩大领地，但为了避免日后尾大不掉，在日南都司设立后，大明将日南都司境内的一众土司整合为32个卫、12个独立千户所及8个直属县，武氏统治其中3个卫又1个独立千户所、莫氏统治其中六个卫；并且大明还册封两家为郡王，同时还安排两家家主轮流前往远离两家老巢的都司治所老街出任都司都指挥使实权掌握在大明派遣的都指挥使同知手中，如此既履行了之前对武氏莫氏的承诺，又为日后分化瓦解两家预埋了伏笔。
对安南的分割虽然在纸面上完成了，但由于安南全境并未完全顺服相对来说，阮主控制的安南南方比较稳定，这一方面是阮主政权的高层基本都被送往南京了，当地反明力量群龙无首，没办法组织起有效的抵抗来，而另一方面则是蓝江以南至茶曲河以北这片区域内的沿海平原异常狭长，没有反抗军可以容身的纵深，反明武装就只能逃入生活困难的长山山区内自生自灭，就算能勉强活下去，也没有实力出山袭扰所以明廷并没有撤回除羽林、建武两师外的征讨部队，相反还进一步增加了大量从国内精简下来的内镇兵。