失去了400多门火炮后，荷军49艘武装商船就愈发挡不住船只总数、船上火炮数量都远超过自己的郑家水师主力舰队的攻击了，所以，打着打着，荷军武装商船队也开始实施转进了；由于郑芝豹部是从新南安湾南口冲入了，因此，这些荷军武装商船便试着海湾北口逃去，当然也有些荷军武装商船慌不择路，试图从廖内诸岛之间的狭小水道逃跑，但这些荷兰武装舰船与之前深入相同水道的荷军运输船一样，很快在充满暗礁的狭小通道中触礁搁浅了；倒是乖乖向海湾北口逃跑的荷舰利用郑家水师主力大半是慢速戎克船的机会，得以顺利摆脱了少数郑家软帆船的追击，然后逃生了。
第二次新南安湾之战大体进行到明弘光十二年、西历1656年十月四日下午未末15:00前后宣告结束的，在这次战斗中，郑家水师击沉击毁荷军武装商船8艘、运输船27艘，俘虏荷军武装商船3艘、运输船23艘，自身只有2艘大鸟船受了重创及另有1艘同安船损毁而已，可谓是大获全胜。
不过，当荷军残余舰船逃出新南安湾，逃入龙牙门海峡相对开阔的水域后，郑芝豹因为担心荷军主力舰船的出现明廷向郑家通报了荷军的规模，并且郑家在龟喀岛、卡里蒙群岛、丹绒比艾等地的海岸炮兵在毁灭前也通报了当面荷军舰队的实力，因此郑家其实是知道荷军第3舰队大致拥有多少舰船的选择了见好就收，未能进一步扩大战果。
郑芝豹的担心是可以理解的，毕竟荷兰第3舰队还拥有30艘专业海军战舰，其中甚至有10艘以上的三*级战列舰，总装备火炮在1500门以上，真要突然杀出了，并与之前溃败的荷军武装商船队来个前后夹击的话，郑家主力舰队有可能转胜为败，丢掉了已经到手的大好局面，所以，现在该稳一把再说。
那么，也许有人就要问了，第二次新南安湾海战，荷军主力舰队为什么没有赶来参战呢？
是没有接到位于新南安湾里的荷军舰船及时通报吗？
还是接到了通报，却来不及赶到呢？
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其实都不是，事实上，在第二次新南安湾之战爆发的前一天，荷军主力舰队已经与明军水师主力干上了。
是的，郑芝豹的通报船没来得及沟通明军主力舰队，但明军主力舰队却自己找上门来了，并很凑巧的与荷军主力舰队相遇，然后将对手故意引离了坦宾岛以东海域，算是与郑家水师打了一个极其默契的配合。
啥？椰城外海之战九月十九日就结束了，就算明军主力舰队在椰城外海虚张声势了两天，也应该在九月二十五日前全部回到了新邾港整休，为什么之前不出兵援助郑家，非要坐视郑家有了相当损失后，才姗姗来迟呢？