明弘光十二年、西历1656年九月二十三日上午辰时09:00前后，荷军第3舰队开始轰击龙牙门海岸炮台、巴淡岛炮台由于荷军第3舰队舰船实在太多了，所以，荷军只动用了22艘2228炮的荷兰武装商船对龙牙门方向实施炮击，另用20艘同等级别的荷兰武装商船对巴淡岛炮台实施炮击，至于其余34艘专业海军战舰和21艘荷兰武装商船只置于龙牙门巴淡岛坦宾岛之间海域，静候郑家水师主力面对敌军优势炮火，郑军海岸炮兵予以了最大程度的反击，但两地炮台总计28门大炮又如何是荷军400余门大炮的对手，因此，在经过一天的炮战，郑家在两地的炮台，相继被对手打哑壳了。
九月二十五日，荷军陆师开到柔佛城下，随即其中8000人很快包围了柔佛城，而另外10000人则开抵至柔佛水道边，等待荷军运输船将其等运输至龙牙门岛上。
为了阻止荷军运输船将柔佛方向陆军运往咫尺之遥的龙牙门岛，埋伏在柔佛水道中的郑家水师大举出击，以17艘广东米艇、12艘大赶缯船、4艘中赶缯船、7艘三十二桨船、8艘八桨船向荷军出动的21艘阿拉伯桨帆船、12艘东非穆泰普船(mtepe)、8艘锡兰yatradhoni船、11艘中式戎克船、27艘船载大交通艇、50艘中型交通艇发起了猛烈的炮击和血腥的接舷战，一举击沉击毁了对手各型船艇40余艘、俘虏了另外10艘，并迫使其他荷兰船艇不得不仓皇的逃出柔佛海峡。
荷军运输船艇第一次进入柔佛海峡运输己方陆军的行动失败后，注意到柔佛海峡中有郑家守备船队的荷军指挥官立刻调动已经空闲下来的16艘武装商船，从海峡两端入口驶入海峡，籍此合围郑家近海船队，一举消除郑家近海船队对荷军登陆船艇的威胁。
但郑家船队利用柔佛海峡极其狭窄尤其是合适千吨以上级大船行驶的深航水道非常狭窄的特点以及己方船小吃水浅的优势，果断的对荷军武装商船队发起决死进攻。
经过一番异常激烈的炮战、接舷战后，郑家水师这才以己方损失过半的代价，击毁、烧毁荷军武装商船4艘、迫使荷军编队又一次逃出了柔佛水道。
不过实力雄厚的荷军显然对此次失败还不至于，所以，九月二十六日、九月二十七日，荷军又两次派遣十艘以上规模的武装商船编入冲入柔佛海峡与郑家船队作战；最终以本伤人的荷军以又损失了4艘、重创1艘武装商船的代价兑光了郑家在柔佛水道隐藏的全部近海战船打到最后，郑家已经把俘虏的荷军运输船都用上了，但在敌众我寡的情况下，最终损失殆尽为己方登陆船团扫清了障碍。
从九月二十八日起，囤积在柔佛海峡边的荷军陆师主力开始登陆龙牙门岛；而就在荷军陆师登陆龙牙门岛的同时，荷军另外一支陆师开始了向柔佛城的总攻。
由于郑家在接手柔佛城后，增设了不少防御设施和炮位，所以，荷军不敢贸然进攻，就只能以攻击欧洲棱堡的方式先挖掘壕沟，再动用攻城炮攻击城墙进攻柔佛城。