明弘光十二年、西历1656年九月十四日下午，荷军第2舰队出现在了巴达维亚外海，并开始用舰队猛轰明军海岸炮台。
在荷军舰船疯狂炮击明军海岸炮台之前大约3个小时，接到荷军大批舰船冲入巽他海峡的横海都司署理都指挥使于通便果断的派出了手上的信报船前往新邾港方向，联系已经完成集结的明军软帆船队。
椰城距离新邾港海域差不多是400公里出头，正常情况想怎么的也要30个小时才能赶到，但明军信报船不顾海上的惊涛骇浪，直接飙出了每小时8.5节的高速，这才在26小时内就将荷舰编队冲过巽他海峡、出现在椰城近海的消息传递到了临时负责指挥明军软帆船队的东洋水师提督潘龙和的手中。
接到了椰城告警后，潘龙和第一时间便做出决定，立刻统帅18艘明军软帆船南下迎战荷军第2舰队之前朱由崧曾任命宁虎为明军软帆船队的总指挥，统一指挥明军及郑家软帆舰队，但荷军出现时，宁虎和郑鸿逵乘坐的信报船刚刚抵达菲律宾海域，显然是没办法赶上战斗了，所以，明军软帆船队的指挥权就临时落到了东洋水师提督潘龙和的头上，不过，指挥郑家软帆船的郑芝豹并不甘心服从潘龙和的指挥，便借口马六甲海峡的危机，执意把郑家水师名下的12艘软帆船都带往了林加岛与新及岛之间海域待命，因此，潘龙和就能指挥的就只有南洋水师、东洋水师麾下那18艘软帆夹板战船了。
由于风向、风速及海区暴雨造成的不利影响，潘龙和部整整花了53个小时才抵达了椰城外海，因此在潘龙和舰队抵达椰城海域前，椰城守军不得不在荷军铺天盖地的炮火下咬牙坚持了整整三天。
但有些事不是你想坚持就能坚持住的，这不，在荷军猛烈炮火下，明军的海岸炮台迅速被打哑了由于需要向新造软帆船提供重型火炮，所以，目前明军海岸炮依旧是老式滑膛炮，而非前装线膛炮，并且明军在椰城海岸炮台布设的最大口径火炮仅为18斤炮，射程和威力远不如荷军三*级战列舰上的3242磅炮，因此被压制是很正常的事见到明军海岸炮哑壳了，荷军便以舰炮掩护小股陆师部队实施了抢滩登陆，然后一举夺下了已经被荷军舰炮摧毁的明军海岸炮台。
不过，由于明军淮丙船队和海岸炮台的阻挠，当荷军占领椰城海岸炮台时天色已晚，所以，荷军虽然在夜幕笼罩下仍强行实施了大规模登陆，但直到九月十六日中午前后，荷军才真正完成了7000陆师的全面登陆。
完成登陆后，荷军主力立刻包围了以旧巴达维亚城堡为基础改扩建而成的椰城城区。
见到密密麻麻的荷军印度雇佣兵将城池包围，躲入椰城的百姓和乡兵都慌了神，没错，横海都司原本名下只有1个直属的守备团，总兵力才645人战兵才300，根本是守不住椰城的，所以，在接到荷军即将卷土重来的消息后，横海都司署理都指挥使于通立刻将大明移民中的青壮组织起来进行了训练，由此才勉强组织了一支约4000人的守卫力量，不过，除了300老兵外，其余3700多人都是没有经历过战争的菜鸟，因此，看到数量惊人的围城敌军后，都有些未战先怯。
好在还没等于通等都司高层以身先士卒、撒币大&法等方式来安抚守军，抢在荷军陆师正式发起对椰城的进攻之前，潘龙和舰队便开到了椰城外海。