大明士林这些人，平时一直吵吵嚷嚷的说什么程朱理学桎梏思想，现在朝廷真把朱子学从官学的位置上扯下来了，一个个又无所适从了，也真不知道怎么评价他们为好，显然，某种程度上这已经是为了反对而反对了。
因此，在马士英说完之后，朱由崧似笑非笑的说道：“昔日朝廷要的是我注六经，士林不满意，现在朝廷给机会让他们六经注我，又茫然无措，可真是难伺候啊！”
朱由崧的语气并不严厉，但马士英却阴寒上身，但他又不能不顺着朱由崧的话往下说，所以，马士英便假装一脸平静的回应道：“昔日江陵《陈六事疏中张居正重点提到了‘核名实’和‘省议论’，于今看来，仍有发聋振聩之意义。”
朱由崧的表情轻松起来：“致良知，朕是支持的，但‘心外无物’、‘心外无理’朕以为颇为荒唐，宇宙渺渺，亘古长存，非为禹生非为桀亡，而人不过是渺渺中一过客罢了，或能以己心反照古今是非，却不能以己心否定世界！扭曲世界！进而让世界来符合己心！此颠倒乾坤之举，圣贤不能也、仙佛不能也！”
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朱由崧的话听起来像是在讨论学术，但一句颠倒乾坤，已经把心学的根本给否定了。
“再有，什么叫‘天地虽大，但有一念向善，心存良知，虽凡夫俗子，皆可为圣贤’？”朱由崧继续往下说道。“颜之推曾言圣贤曰，‘夫圣贤，教人诚孝、慎言、检迹、立身、扬名’，可见圣贤者非一事一念即可称谓的，非常年教化，而得交口称赞者或可为之！所谓一念为圣者，名儒实释，乃外道也，非先圣之法！若以释之学反驳，则今日行善、日日行善乎？前者行善，后者作恶，亦为圣贤乎？”
马士英知道朱由崧这番话已经把心学列为了儒学外道、接下来一场大风波就要发生了，所以，不敢怠慢，便应道：“陛下说的是，而今士林之辈力倡良知的天机活泼，任运而为，蔑视权威，张扬自我，以己心代天心，不诚不敬，唯有自我，此邪魔也。”
朱由崧点点头，说出了自己把马士英留下来单独交流的目的：“肃正学风、士风本应该是学部和王先生的事情，但王先生的性子有些软，喜欢照顾亲朋好友，怕是下不去这个手的，马老先生是首辅元翁，且替王先生多担待一点。”
马士英就知道是这个结果，所以，颇有些无奈的应承道：“是，臣一定督促学部、礼制院加快整肃学风及士林风气，改清谈为务实，以配合官制改制。”
说到这，马士英心头一动，是的，自己无意中说对了，整肃学风、士林其实也是为了官制改制服务的，目的就是为了改变目前依旧存在的重“清”轻“浊”的官场风气。
随即，马士英又联想到了今年庶吉士考选中相当一部分庶吉士争着要进清贵衙门的事情，便彻底明白了朱由崧发动这场整顿的目的。
正在马士英心思百转的时候，朱由崧言道：“朕是信得过马老先生，且去安排吧！”
朱由崧下逐客令了，马士英却不敢现在就走，因此便向朱由崧进言道：“陛下，其实臣以为陛下是怪错了王阁老，毕竟，有些事学部也是无能为力的。”
朱由崧眼眉一挑：“马老先生的意思是？”
“要改易学风、更定士林气象，臣以为，或需要朝廷变更几位大臣的职务，否则，有这些大臣在背后撑腰，只怕是事半功倍。”
朱由崧起身在殿内走了几步，猛然看向马士英：“是张国维还是袁继咸？”
马士英跪下来回复道：“臣不敢无端攻击大臣！只是臣昔日也参加过复社，知道复社背后有大能力者加以庇护！”
朱由崧摆摆手：“朕知道，老先生且先正常办，其余，有机会再说！”
什么叫做有机会？那肯定是没有机会要制造机会！
所以，马士英叩首道：“臣明白该怎么做了！”