11万大军在大阪打不过2万明军的消息吓尿了江户幕府高层，因此为了避免明军洗劫近畿后对江户产生兴趣，保科正之亲自从江户赶到京都主持与明军的和谈；但此时已经为时过晚，取得战场胜利的明廷提高了和平的要价。
“殿下，这两天跟明寇接触下来，对方明确表示二十口通商不可变化，另外，赔款六百万两也一分不能少，顶多就是不用给太多的金银，可以用条铜抵价。”二条城内，一脸灰败的阿部忠秋向保科正之报告道。“还有就是海外日本人归国一事，明寇也反悔了，他们要求幕府承诺保证归国日本人的安全，并要求幕府允许大明商人雇募日本人出海做工。”
保科正之苦涩的说道：“仗打输了，人家要得多也很正常！再派人去磨一磨吧，多少让明寇减一减开港城市和赔款数字。”
“那？”阿部忠秋探问道。“那关于海外日本人的事怎么说呢？”
保科正之回应道：“明确告诉明寇，幕府可以允许海外日本人回国，但只允许其逗留在开港城市，不得回返原籍，也不得在日本传播天主教，否则，幕府有权将其等处死；至于明国海商要雇募日本人出海做工，也不是不可以，但要有人数限制，初步预算，每港每年不得超过三百人······”
有了保科正之的态度，阿部忠秋就知道怎么跟大明这边谈了，于是，双方便展开了新一轮的接洽，在这轮接洽中，幕府这边极力将赔款数字压缩到三百万两以下，不过在大明谈判人员的坚持下，双方最终在五百万两上达成了一致。
而在开港数量上，日方也步步后退，从最初只答应开放长崎、平户两港，后退到了答应开放长崎、指宿、浦户、广岛、神户、骏府、仙台、青森、轮岛、荻等十个港口，并同意依照长崎体例，在各港划出一片区域以供明国商号设置商栈、堆场、宿舍；此外，幕府还同意对大明商人雇募日本伙计的数量不做限制、进口税控制在总货价的百分之五、大明商人销售商品的价格随行就市三都及其他日本商人组织不准低价强买强卖等一系列要求，籍此换取大明同意日本查禁走私及禁止大明商人深入日本内地。
在大明商人雇佣日本人出海做工的问题上，幕府同意每年向福海号提供六千人不分男女以换取大明同意禁止其他商号雇募日本人出海。
在海外日本人归国问题上，幕府紧咬不放，甚至还不惜同意大明永租隐岐群岛作为交换。
既然德川幕府如此坚决，大明方面也只能顺势退让，同意幕府限定海外日本人回国后的居处，并同意幕府继续查禁天主教即海外日本人归国后可以继续信仰天主教，但不准在日本建设教堂及其他传教机构，也不准向其他日本人传播天主教。
既然双方谈妥了，大明代表、内阁大学士左懋第，日本幕府代表、左近卫中将保科正之便在明弘光九年、日本后光明天皇承应二年、西历165年七月十日于淀川西岸的吹田正式签署了《吹田条约。
由于《吹田条约约定，幕府只有缴纳了全部赔偿金后，明军才会撤离日本，所以，《吹田条约签订当日，幕府即向明军支付了价值金花银五百万两的黄金、白银、条铜以及大米当日，双方关于金银铜的纯度有过一番扯皮，但相关交付工作还是在三天内完成了收到钱的明军，便开始陆续撤离日本，返回国内。
不过，要走也不是那么容易的，要知道明军的收获太大，运输船又太少，所以明军得分批撤退，所以，根据幕府的强烈要求，明军便先归还了大阪城及周边地区，将主力部队及一应收获运到了和歌山地区；而和歌山地区的幕府诸侯联军则同时解散返乡，以避免明军产生误判；而在这一过程中，阿部忠秋依旧要负责监督。