柔佛人的军队三三两两的出现在了马六甲城外，娘惹峇峇的兵也打着明军的旗号组建起来了，于是，在明军水师派出的协调员的协调下，双方约定了负责范围，其中娘惹峇峇负责进攻马六甲西城并做出围攻圣约翰城堡的架势，柔佛军则负责攻击马六甲东城，并尝试对圣地亚哥城堡实施进攻！
也许是知道荷兰人不太可能坚守马六甲城区边缘的木墙，所以，确定各自攻击范围后，娘惹峇峇和柔佛军就迫不及待的发起了进攻，并如预期一样顺利夺取了大部分的马六甲城区。
之所以还有部分城区没有拿下，那是因为这些城区都在荷兰守军的炮火覆盖之下，任何人随意进入这部分城区必然引来荷军炮火攻击，造成自身重大伤亡；因此，力量还没有到齐的两部附庸军自然不敢有进一步的行动。
当然，光是从目前占领区内获得的物资器件就足以让两支附庸军高兴的了荷兰人搜刮走了城市内所有的存粮及可食用的腌制品，也带走了金银钱财，但有些东西荷兰人运不走，运走了也没地方，而这些以粗苯家具、衣料、小块铁器为主的战利品，明军也是看不上的，所以就便宜了娘惹峇峇和柔佛军们因此这两支附庸军便迫不及待的将各自缴获物资后送，甚至还因此忽视了对圣约翰城堡和圣地亚哥城堡的监视，也就是荷兰人兵力有限且担心这是明军引蛇出洞的诡计，这才没有趁机杀出，给两支穷怕了的军队以惨重教训。
等两支附庸军把目前能搬的都搬走了之后，他们便在南洋水师上陆官兵的指点下，开始拆房；对于柔佛军和娘惹峇峇们的动作，荷兰人内部有不同意见，有人认为这是为了方便警戒而扫清视界，有人则认为这是为制作进攻器械准备物料，但荷兰人再怎么猜，也没猜到，两支附庸军这是为接下来纵火准备防火隔离带。
因此，当某天晚上大火燃烧起来时，荷兰人一时间有些不知所措！
很快，微风将火星吹拂到了圣地亚哥城堡及圣约翰城堡的建筑上原本马六甲位于赤道无风带内，平时风力是很小的，但大火造成了冷热气流的快速循环，以至于无风变成了微风，而马六甲城区其实与两座城堡之间没有特别明显的间隔，这就不可避免的造成了火星飘到两座城堡内部导致了两座城堡也跟着起火了。
知道情况不妙的荷兰人立刻全力救火，由于马六甲地处海边且境内有马六甲河流经，所以荷兰人是不缺救火的水的，因此，经过一夜的抢救，荷兰人最终还是扑灭了两座城堡内的多处火头，保住了两座城堡。
然而，借助大火吸引了荷兰人全部注意力的机会，当天晚上，明军悄然无声的将一批炸药运输到了圣约翰城堡和圣地亚哥城堡面海的那面城墙下，然后在黎明过后，实施了引爆！
由于明军在黑火药中夹杂了大量硝化棉及饱含硝化甘油的硅藻土，所以，这批炸药的威力不同凡响，直截了当的就摧毁了圣地亚哥城堡面南的部分城墙。
至于圣约翰城堡，因为没有南向布置的炮位的，中国海军一早就得以逼近至最近距离对圣约翰城堡南墙进行了重点轰击，早就造成了该部分城墙的松软，因此，炸药干脆利落的就将圣约翰城堡的整面南墙都炸倒了。
彻底失去南墙的圣约翰城堡如被拔光羽毛的光鸭一样处在了任人宰割的地步，因此，自知不敌的守军，在第一时间向明军投了降！
圣约翰城堡投降后，圣地亚哥城堡也无力孤军奋战主要是南面面海城墙的火炮在爆炸中大多损毁，导致了圣地亚哥城堡已经无法用自身火炮反击明军舰船的攻击就只能学着圣约翰城堡内的荷军一样，向明军舰队投降了。