弘光七年七月一日，朱由崧经辽西走廊回到山海关内，随即继续西进，并于20天后再临大同。
当年八月一日，西征京营等部在大同完成了10天的休整后，会同宣府、大同、偏关三军抽调而来的4个骑兵师、4个骑兵团、2个骑马步兵团、3个边军辎重团经右玉出关，并在尚未移封的察哈尔诸卫及土默特诸卫兵马的引导下经和林格尔抵达了黄河边上的托克托和萨拉齐。
随即，出击明军在及时赶来的黄河水师同州团的运输下，成功越过黄河，杀入了鄂尔多斯境内。
由于事发突然，鄂尔多斯各部根本没有想到明军会从黄河北岸杀出在鄂尔多斯人看来，明军应该是从榆林、宁夏方向发起进攻的因此被明军打了一个措手不及。
经过一个月的鏖战、追击，在察哈尔人、土默特人的协助下，明军共击毙鄂尔多斯骑兵牧民逾8000人，俘虏另外3000多骑兵牧民并俘虏了30000余鄂尔多斯部的妇孺，解决了之前历年中被鄂尔多斯人掳走的30000余陕西百姓。
在明军的勐烈打击下，鄂尔多斯六部首领博硕克图额磷臣被迫向朱由崧请降，朱由崧遂封六部首领为郡爵，并将其等全部安置在北京城居住，并将鄂尔多斯六部重新划分成为由明廷直接委任掌卫事管理的五个卫。
随后鄂尔多斯五卫又被迁移到了饶余都司、松漠都司境内安置，而鄂尔多斯故地及另一时空乌兰察布盟境内，则另外安置了卜罕、坚河、屯河等九个卫。
鄂尔多斯人的下场，吓坏了在甘州附近游牧的阿拉善人，这些阿拉善人主动向朱由崧请降，于是被分为三卫，安置在宁夏以北、黄河以西、河西长城东北地域。
于是，截止到弘光七年九月十三日，松漠都司共下辖19卫、1个千户所级别的活佛供养地，饶余都司则下辖21个卫，朔方都司地盘虽然一样不小，但由于境内有多处沙漠，所以只下辖了12个卫几年后饶余都司迎来了一批逃难的喀尔喀人、几十年后朔方都司名下又来了东归的土尔扈特人，所以两个都司后来还有调整，但这是后话了至此，漠南算是初步安定下来了。
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既然漠南算是初步稳定了，那么各路边军的兵力就不需要继续保留那么多了，所以朱由崧便在率部南返的路上，对偏关、榆林、宁夏、河西、西宁等边军部队做了相应的裁剪。
裁剪后，偏关军编入宣大军序列；榆林军和宁夏军实现合并；河西军与西宁军实现合并。
由是，明军在北方防线上，形成了前后三道阵线：第一道是由三都司的驻防军构成的前方警戒线；第二道是由辽东军、蓟州军、宣大军、狭北军、甘肃军组成的主力迎击线；第三道则是由顺天府、河南府、固原州境内的京营组成的预备反击线。
当然，这三条线目前来看还比较单薄，但真要遇到大规模入侵的话，未必不能发挥应由的作用爆发战争的北边各道也能在第一时间出动内镇兵马协同守备和迎击。
随着三条防线的构成，边军总数将从最高峰的218000人，削减至129000人辽东军14000、蓟州军28000、宣大军将保留34000人、陕北军28000、河西军25000内镇兵马总数将从178000人增加至227000人，合计裁兵四万整，将极大的减轻国库支出压力。