虽然清虏跑了，辽东不战而下，但辽东边患依旧存在，所以，朱由崧决定于弘光七年的春夏之交发动对科尔沁草原的攻击。
但进攻草原，步兵带太多是不合适的，所以，朱由崧便遣返了随他北上的10个步兵团、4个辎重团，然后重新从南京调遣了1个京营骑兵师、1个京营骑马步兵团，从中都凤阳府调遣了2个京营骑兵师，从承天安陆府调遣了1个京营骑兵师，从奉天河南府调遣了1个京营骑马步兵团北上。
除了调动京营骑兵以外，朱由崧还下令从顺天军、蓟州军、新永平军即原本从顺天、蓟州两军调往永平，接替山海关等地防务的4个师中抽调3个骑兵师、2个骑马步兵团，从畿东道、畿南道、山东道、河北道抽调6个骑兵团、3个骑马步兵团前往辽宁。
如此一来，在春末的时候，朱由崧就可以统帅5个京营骑兵师、2个京营骑马步兵团、5个边军骑兵师、6个内道骑兵团、6个边军及内道骑马步兵团注：给辽宁军留了1个骑马步兵团及1个边军步兵师、1个北洋水师陆战旅、勇士营3个团、2个京营辎重团、34个边军辎重团，约计5万兵马杀向科尔沁草原了。
当然，对于广阔的草原来说，5万人依旧有些杯水车薪，但朱由崧从未指望一战就击败对手，而是会依托西辽河干流和支流耐心的修建起若干连续性堡寨，进而逐步压缩科尔沁人的生存空间，从而迫使科尔沁人主动决战，或主动逃亡。
而为了实现这个目的，朱由崧届时还会动用祥福瑞的兵马于北线呼应即沿塔尔河洮儿河、曲裂儿河归流河深入，并同时修筑沿线商栈让科尔沁人首尾难顾；此外，朱由崧还会动用托庇于万全行都司名下的蒙古各卫，从西向东进攻，一方面掩护明军在大凌河中上游地区修筑堡寨，另一方面也配合南北两路明军，威胁科尔沁腹地······
“撤销原宁远水师，所部改编为塘沽水师团和牛庄水师团。”朱由崧如是决定道。“原宁远水师总兵官郑鸿逵调往南京出任大都督府船械司同掌司事，并调严德桓和吴三桂为新设战史译文司掌司事、同掌司事！”
大都督府原来设置有战史条例司，这次将两个司分开了这么做一个重要原因就是安置黄得功条例制定事务继续由条例负责，战史研究归战史司负责，另外，新成立的战史司还下辖译文处等单位，以追踪泰西的最新军事成果包括研究西洋各国的战法战略和武器装备，并为西厂泰西班提供必要的培训。
至于消化了宁远水师，会不会让郑芝龙产生某种担心，朱由崧倒是并不特别在意是的，朱由崧现在还没有卸磨杀驴、铲除了郑家的想法，但如果因此能让郑芝龙更加恭敬、更加服帖，倒也是不错的结果，某种程度上也算是敲山震虎了。
不过朱由崧的旨意刚刚发出去半天，南京就送来警报：“皇爷，占婆国向朝廷求援，声称，安南阮主发兵三万威逼宾童龙，占婆无力抵抗，还请朝廷为其做主！”
朱由崧想了想：“唐藩刚刚于西贡地立足，占婆之存在能避免唐藩直面阮氏之威胁，所以，得救占婆，这样吧，传旨郑芝龙，让其率兵舰威逼会安，迫使阮主放弃南侵！”
万世眨眨眼，提议道：“皇爷，阮主与郑主相持多年，已是不可调和之宿敌，何不令鸿胪寺联络郑主，夹击阮主，从而一劳永逸，解决占婆之威胁呢？”