王灿成之所以反对六科改制，主要是基于朱由崧对六科的定义，即六科应该是唐代门下省的再现，可问题是，唐代门下省是拥有拾遗补阙和谏议职责的，所以王灿成和吏科上下才明确反对六科被阉割了谏议权的改制。
但王灿成和吏科的反对无效，朱由崧坚持认为在唐代台谏系统是门下省的一部分，如今既然门下省整体不存在了，那么六科和都察院的职责就应该有分野，具体来说，也就是谁的事谁干，不能一个部门鼻子眉毛一把抓，当然也不能一件事几个部门来抓，结果政出多门。
见朱由崧打定主意要削弱六科，觉得给事中们升晋品级后，自己也未必会留在六科的王灿成便放弃了在六科改制问题上的纠缠，转而继续抓住朱由崧的话柄，针对改制后都察院权利被削弱的问题，提出了新的质疑。
朱由崧为了不造成弘光改制是自己一意孤行的印象，所以，经过思考，部分采纳了王灿成和吏科的意见，同意都察院除了无权事先质疑朝廷政策外，可以在政策推行期间进行必要的监督，对政策具体实施阶段的错位现象进行弹劾，并在政策实施结果未能达到预期时，对推行政策及审核政策的部门和官员提出质疑和弹劾。
当然，都察院在其他方面的监劾权依旧得以保留，但限制了风闻言事和随意臆测，给予了独立调查权，因此，都察院改制若是成功，将会是另一时空议会与检察官的合体。
既然朱由崧在都察院改制方面部分接受了自己的意见，王灿成自然见好就好，没有在钦天监改制问题上多做纠缠，只是建议朱由崧不要明确化学、物理等学科的真实面目，以免引起不必要的质疑，对此，朱由崧也是欣然接受的钦天监的问题，固然是增加了儒学不以为然的一些自然科学，但士大夫无聊的时候也会研究杂学，还有人因此成了杂学大家，因此思想并未彻底僵化的明儒并不完全排斥新学科新知识。
鉴于王灿成和吏科已经接受了修正后的《官职改制方案，于是，明弘光五年七月八日，南京内阁正式对外公布了《官职改制方案的全文，然后引来了新一轮的反对声浪。
是的，虽然军机处的意见已经统一，各方面审核《改制方案全文后，依旧有很大的质疑声，其中相当一部分官员认为此次改革太过重视财务问题且“无礼”，会造成朝廷失德、残民以逞及礼崩乐坏的局面。
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兵科、工科的给事中们和都察院监察御史们更是全力反对朱由崧对自己部门限权，兵部也闹翻了天，甚至公然预言将来会出现“五代”之军阀割据、朝廷政令不出京师的局面。
对于再一次出现的反对声浪，上一次根本没有表态的朱由崧，这一次却重拳出击，几个跳得最欢的刺头，直接被转任为了王府官爵位改制后，国王、国公、国侯三级宗室依旧配属有属官其中几个犯了朱由崧忌讳、又把祖制扯出来说是的官员更是被直接派给了唐、益两藩，然后十万火急的被打发到了海外任职。
面对金刚怒目的朱由崧，大部分官员都被吓回去了。
是的，名义上王府官也是朝廷命官，成为王府官后级别也没降下去，但问题是在大明的政治传统中，一旦成了王府官就等于在政治上被宣判了死刑话说，以前的南京官或也算是政治流放犯，但南京官可不是终身被流放，至少还有机会被赦免，但成为了王府官，那除非有天大的机遇，否则一辈子就到头了而大部分官员争来争去不就是为了自己的政治前途嘛，所以，当发现朱由崧真的可能让他们永远坐冷板凳后，这些官员自然就偃旗息鼓了。
最后，虽然还有人继续“威武”不能屈其实文官集团天然拥护新设部门、增加官员编制，但个别人另有诉求也是可以理解的且这批人以给事中、御史为主，但声势大不如前，所以，朱由崧只当是败犬狂吠，根本不做理睬。
当年七月十七日，内阁正式向递交了《官制改革方案·京官部分，朱由崧第一时间予以批准；七月十八日，诏书送到六科，已经被当成叛徒的王灿成和吏科在诏书上副署，但其余各科则一致驳回了诏书，对此，朱由崧勃然大怒。
随即，内厂以贪腐、干预地方司法等罪名抓捕了礼科左给事中刘鳌及另外两名兵科给事中、一名兵科给事中、一名户科给事中。
朱由崧则以领导不力、放纵科员违法违纪为由，根据内阁的建议，免去了礼、兵、工、户等四科都给事中的职务，将他们派到地方去担任散州级别的知州。
要知道都给事中过去若是到地方任职，至少是四品起跳，运气好的还可以直接担任从三品的参政参议，现在只落一个从六品的散州知州，可谓下场惨烈。
有了前辈的前车之鉴，新任的各科都给事中、给事中们都噤若寒蝉，再也不敢对抗朱由崧了，由此，当年七月二十六日，《明定朝官新制诏正式颁布天下，弘光改制正式开始实施！