“仪制院，掌礼法之考订修正、会同参与大明律之修订、先帝实录修订······”
仪制院虽然用的是原来礼部仪制清吏司的旧名，但实际负责的内容与仪制清吏司有很大的不同，说白了，就是一个从老古董中寻章摘句的门面单位，绝对的冷曹，跟另一时空的政史办性质差不多。
赵山说的有些口干舌燥，便由李泰往下说道：“太医署，掌医学教育、考核、授级，掌各地医院、医馆、药铺之检核，掌药性之研究、医书修订和采用及出版审核，掌惠民药局、养济院、漏泽园。”
太医署和太医院不是一回事，前者是医疗管理机构，后者则是面对皇室、宗贵、重臣的医疗机构，而这一次朱由崧把民政日常救抚的一些工作也统一归并给了太医署负责。
李泰说完，李谙特别解释道：“目下，大明医生太少、医生能力也参差不齐，百姓缺医少药，所以，有必要学习前宋之翰林医学院之旧制，增强医师培养和管理。”
其实之所以要对太医署进行改制，一方面是为了增强民间的医疗力量，另一方面则是因为朱由崧一直以来都对太医院不放心，需要用另外的力量加以牵制之前，朱由崧一直以陈实功门下子弟经由管墨艺塾杏林堂建立起来的军医系统来为自己和家人提供医疗服务，但这终归不是长久之计，得换个面目以方便出现，而太医署就是一个不错的马甲。
赵山跟着补充道：“预定设立医童、医生、医师、医官四级十一等，但医官不是官员，只是拥有部分官员特权，并有进入太医院任职的权利；另外，太医署继续设置医学和药学两个部、并在医学部之下继续设有医科、针科、按摩科、咒禁科等四科不变。”
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对于太医署，马士英等人是不在意的，所以就听任朱由崧对其进行改造。
说完太医署，接下来李泰提到了钦天监：“钦天监，掌天文、历法之外，按皇爷的意思，稍后还要掌地质、化学、物理诸学问。”
按朱由崧的想法，应该直接建立一个大明科学院，但科学现在指的是科举学问，所以不能乱用，就只能用钦天监的马甲套一套了。
然而朱由崧只是想套马甲，孙传庭还是发出了疑问？“地质和化学？这是什么学问？物理？格致万物之理？阳明心学？陛下明鉴，用心学代替理学为国家根本之学，只怕会引起天下动荡啊！”
朱由崧笑了笑：“地质说白了是研究山河构成，然后知道这里的土合适种稻子、那边的土合适种麦，这边山里有什么矿，这边的水边合不合适造桥；而化学，研究是事务变化、化生之理，泰西所谓炼金士，但其真面目不是用什么点石成金，而是研究金银铜铁之元素化合后的产物，譬如研究一种永不褪色的染料、研究怎么提高钢的硬度等等等等，虽与治国理政无关，但若是研究成果了却是能提供某种为朝廷赢得厚利的产品，缓解朝廷财力不足的问题；至于物理，自然不是什么理学、心学所谓的天道人心之理，乃是研究船为什么会浮在水上、滑轮组为什么会省力的人间原理。”