峄县之战，以明军伤亡3700+勇士营第二战兵营3300+、燕山师400+、清军损失7500+的结果落幕了，对于这样的结果，明清双方都是不满意的朱由崧认为归真卿太过自信，才导致部队陷入死地；济尔哈朗认为马光远部在峄县城下耽搁时间太久，才会陷入灭顶之灾所以，大明这边给予了归真卿降级处分，勇士营第二战兵营的番号也暂时被撤销了，而清廷那边则再一次剥夺了马光远的爵位，不过依旧让其担任汉军镶黄旗固山额真一职。
说起来，朱由崧和清廷都有些高高举起、轻轻落下的做派，这是因为，对于朱由崧来说，峄县之战毕竟是明军获得了最终的胜利，且勇士营第二战兵营也的确坚持到了最后，这种顽强的精神应该奖赏，所以功过相抵之后，不宜对归真卿处置过重勇士营第二战兵营的其他官兵都获得了应有的奖励而清廷这边如今还要用着汉奸，也是不能让他们产生了惴惴不安的心理，所以要在惩罚严明的基础上，网开一面。
一句话，追究责任是必要的，但更关键的是惩前毖后、治病救人。
然而明清双方其实都不知道，峄县之战的深远影响才刚刚出现呢。
这不，在对于明军出击峄县，歼灭马光远部的意义判定上，清廷方面就有不小的争议。
其中有些有人认为即便明军后来撤退了，但也可以证明，沿着运河北进，是明军未来主攻的方向，所以要求加强在运河沿线的防御；而另有一些人认为，明军最终还是撤退了，因此不能排除明军这次进攻是佯动，是想把清军主力从黄河沿线吸引到运河沿线，从而掩护明军在其他方向的突破。
以上两者虽然彼此之间不能互相说服，但一致认定明军在年内的确有可能实施真正的北伐，因此便与某些持峄县之战证明明军无力大规模北伐的人士产生了激烈的辩论；而在上述三种论调彼此攻讦的情况下，清廷内部还有第四种观点，那就是某些人以明军在威海、鳌山的行动为例，认为，在清军主力南调后，明军极有可能沿海路北上，直接在天津一线登陆。
对于这第四种论调，清廷内部大多数人是不信的，但由第四种论调引发的，对于明军主力在山东鳌山或威海大举登陆的担心却也沸沸扬扬的，进一步搅乱了满清朝廷的舆论。
所以，之前接到黄河防线警讯后，重新把北调的5万大军派往大名一线的清廷，在经过反复权衡之后，不得不搁置了年内出兵喀尔喀的计划清廷决定拖到南兵不耐严寒的冬季，再把5万兵马调回北京，然后在来年二、三月前，以京师八旗兵为主，顶着严寒去讨伐喀尔喀人，这样就能最大限度的利用冬春这一中国兵法上不宜作战的季节······
“皇爷，吴三桂反悔了？”
朱由崧不动声色的看了看神情沮丧的万世，好整以暇的问道：“什么原因？”
万世答道：“三四月间，清廷判断我军不会继续北伐，所以基于粮秣供应始终不足的原因，清廷秘密抽调了五万兵马返回京畿，但这五万兵马北调后，清军在黄河一线的兵力就稍显单薄了，所以，清廷才决定把吴三桂部调到山东参战，以便把石廷柱、金砺等部抽调出来与马光远等部加强黄河方向的守备。”
万世这是把前因后果都解说了一遍：“然而在黄河水师佯动后，清廷又迅速把北调的五万兵马派回了大名一线，但这么一来，清廷势必不能再派吴三桂去山东作战，以免粮秣供应的窟窿越来越大，到最后不可收拾。”