排除了姜瓖部可能潜在的威胁后，清廷便以勒克德浑统兵10000进驻太原和汾州两府、孔有德部万人驻防大同府、孟乔芳旧部万人驻平阳府和沁州直隶州，就此完成了，对除潞安府、泽州直隶州以外的山西全省的控制由于，动辄几十万人的顺军暂时不会渡过黄河进攻山西，因此清廷认为区区3万人马就足以控制山西这样的大省了。
由于清廷在南京释放的烟雾弹以及博洛部依旧滞留在河南府，没有同时撤过黄河的缘故，因此明廷是在明弘光三年三月初才由西厂侦知陕西的变故的，不过，在西厂探子向南京发回陕西变局的准确消息之前，孙传庭一早就发现了当面顺军的变化。
然而孙传庭的兵力仅有4.5万人，在留下了兵马守备重庆、泸州等地后，机动兵力更是下降到了3万出头，且其中大部分是月饷土兵，因此即便发现顺军已经从合州、广安等地撤退了，也仅仅只能追击到蓬州一线，就再无力量向保宁府境内展开反击了后来，孙传庭想办法拼凑兵力，这才收复了保宁府城、巴州州城及巴州治下的通江、南江两县，但截止到当年十月前，孙传庭部始终没有能收复整个保宁府。
一直紧盯李自成动作，生怕李自成在四川逗留不去，进而跟自己争地盘的张献忠其实比孙传庭更早发现李自成率部返回了陕西，但因为大西军主力南下云南后，张献忠自率兵马数量不过5万，且成都周边各地拥明反西的武装斗争此起彼伏，因此，张献忠只能眼睁睁的看着孙传庭收复了涪江以东的州县。
出于对孙传庭部越过涪江西进的恐惧，也是被四川各地的反抗所激怒，张献忠残忍的下达了大规模屠杀的命令，结果不但参与抵抗的士绅和百姓被他杀的人头滚滚，那些没用参与反抗乃至于，与大西朝进行合作的士绅和百姓也被杀戮一空内中就包括去年大西朝录用的十几名进士及被这些进士骗来成都的士绅。
张献忠甚至还给远在云南的孙可望、刘文秀下达了屠杀军中四川籍将士的命令。
在云南境内招募裹胁了大量军士的孙可望和刘文秀毫不犹豫的执行了张献忠的命令，随即，那些为大西军流过血的川籍将士被孙可望、刘文秀两人屠戮一空，可谓凄惨无比这场屠杀其实给大西军自身造成很大的麻烦，导致了大西军在云南部队的骨干力量被扫荡一空，战斗力出现断崖式下降的局面，使得大西军无法进一步扩大在云南的统治区域，彻底控制云南一省，并让云南明军有了喘息的机会，从而能卷土重来。
但屠杀并不能让人服从张献忠的统治，因此，当受到孙传庭支持的四川拥明力量的反抗日益加剧后，张献忠觉得在成都是待不下去了与屠杀破坏了四川本地的农业生产也有一定的关系，所以，他被迫做出了，放弃四川，全军转入云南的决定······