耿仲明部撤到杨庭河北岸时，尚有帅标亲卫300余人、徐得功部300余人、宋国辅部850余人、陈绍宗部800余人，但最终能逃回宁海州城的仅有不足400人，因此第一次威海卫保卫战，可以用明军全胜、清军惨败来做结论。
虽说耿仲明在宁海州城里还有8000多兵马可用，像第一次威海卫保卫战这样的战斗，还能再打上两次，但丢到了手中最精锐、最能打的营头后，耿部实际上已经失去了继续进攻的能力，没有一段时间的整训和以战代练是恢复不了元气的。
如果仅仅是部队元气大伤也就罢了，假以时日总能恢复的，然而逃到宁海州的耿仲明的身体也出了问题耿仲明在杨庭河夜战中手臂挨了一发铳弹，不但造成了粉碎性骨折，而且因为处置不及时，所以造成了铅弹留置体内，因此回到宁海州没多久，就高烧不退了由于当时并没有绝对有效治疗铅毒的方子，故此，徐得功、陈绍宗等耿部大将就只能眼睁睁的看着耿仲明走向死亡。
耿仲明都快要死了，耿部自然要镇之以静的1646年四月二十日，徐得功等以耿仲明的名义向清廷上了遗表，请求清廷允许耿仲明的长子耿继茂继承王爵、牛录及耿部的兵权，而在上述遗表获得清廷同意前，耿部便以粮饷不足的名义，滞留在了宁海州一线，听任勇士营在威海卫大肆修建堡寨，也听任文登县城、莱阳县城及成山卫、靖海卫、大嵩卫等卫所继续尊奉明廷号令、高举大明旗帜由此，登莱战场陷入了诡异的平静之中。
登莱战场陷入了不战不和的状态，但青州及济南方向的反清斗争却因为耿部的撤离而重新高涨起来，对此，济尔哈朗只能选派身兼汉军正红旗、镶红旗两旗固山额真的王世选统帅5000兵马增援济南和青州方向······
1645年清顺治二年初，山西教民张四、李二、邢四、蔡羽、李一梅等人，以皇天清净善友会组织名义联络民众，假借持斋事佛，暗中组织反清起义，虽然该起义在当年就被清军残酷镇压了，但余党依旧在山西活动，并且活动范围还从朔州一地，扩大到了晋中、上党等地；进而导致了清廷对其等更加严厉的查禁和迫害。
进入1646年后，被迫从晋中撤出的皇天清净善友会成员孟三、艾一、侯二、侯四等人跑到了山西交城和文水一带，与活跃在当地的土寇张判子、千金刘等汇合，遂于当年三月在交城水峪关举行了反清武装起义，并于三月二十日，击败了交城县城派去镇压的500绿营。
在击破绿营兵，起义军随即兵锋直指交城县城，但由于清廷委任的交城知县组织地方大户进行了顽强抵抗，且太原、文水等地清军又在闻讯后，紧急驰援，因此起义军最终没能打下交城，反而在各路清军的压迫下，退回了吕梁山区，此后长期活跃在吕梁一带。