明弘光元年六月二十五日，礼部以军功奏请册封黄得功为舒城侯、严德桓为通城伯、许昇焘为通山伯、柳宜昭为黄梅伯、张茂德为沐阳伯、黄蜚为定西伯、宁大虎为安东伯、高杰为靖北伯、刘肇基为襄南伯、尚可喜为镇北伯；此外礼拜还奏请册封余龙、李成栋、金声桓、田雄、马得功等一百六十七名将官为子爵、男爵。
对于礼部的奏报，朱由崧御笔一挥，悉数御准；然而也就在朱由崧大封功臣的当天，大学士吴甡、刑部尚书顾锡畴、左都御史丁魁楚再次提请三司会审叛乱案】。
在问过内厂提督钱禄，确认相关案件已经可以转入审讯阶段的朱由崧批准了吴甡等人的请求，随即将童妃案】、叛乱案】并案后，移交九卿会审。
所谓九卿指的是六部尚书、都察院左都御史、大理寺卿及通政使等九位大明高级文官；不过由于部分尚书系由内阁大学士兼任的，这些内阁大学士事务繁忙，根本没时间参加审讯，所以，并非全体六部尚书都参与了两个案子的审讯，至少吏部和户部是由侍郎来代为参与的。
并且，说是九卿会审，但事实上，除了九卿以外，司礼监也派人出席了会审的整个过程；此外，锦衣卫、内厂、东厂等侦办机构也出席了整场会审，不过他们的身份并非是主审官，而是主控检察官及证人、法警。
因为被抓者都是复数的证人证言证物，所以除了那些因为金钱往来而被说成是左良玉父子叛乱案】资助者的士绅，实数有些委屈外，黄澍、吕大器、左光先及其同党的罪行是非常明确的，其中大部分人也都承认了自己或多或少与左良玉父子有瓜葛或在童妃案】、假太子案】中大放厥词、推波助澜当然，这些士大夫也是振振有词，认为自己只不过是说了几句泻火的话，并不是有意诽谤和污蔑皇帝。
对于被抓的东林复社成员还试图以朝廷因言治罪、不符合祖制为由脱罪的幻想，与会的刑部尚书顾锡畴、礼部尚书钱谦益、吏部左侍郎袁继咸等东林复社集团成员及目前与东林复社集团结盟的齐党要角、大理寺正卿刘正宗都心急如焚，但由于参与会审的不仅仅有内廷的代表，而且还有阮大钺、杨维桓等东林复社集团的死对头在，他们不好公然偏袒，只能眼睁睁的看着事情冲着不可挽回发展而去。
于是，为了避免党人死的太快了，所以，顾锡畴等人一反之前火急火燎的态度，有意拖延审讯进程，试图以拖待变，最终让童妃案】、叛乱案】不了了之。
然而，朱由崧却不惯着他们，这不，不待案子全部审结，便于当年七月十九日，赐了假冒自己妾媵的童姓女子一杯鸩酒，送这个被人利用的女子上了路。
赐死童妃后，朱由崧又越过了九卿会审，下旨判处谋画叛乱的太仆寺卿乔圣任、江西道御史林时对、工科给事中金堡以及预谋参与叛乱的建阳卫指挥使于侯升、扬州卫掌印指挥使关文、镇江卫指挥同知牛国统、吴淞营总兵方从安等19名文武并侯方域、方以智、陈贞慧等牵涉较深的士子11人满门抄斩。