1645年六月十五日，牛金星、宋献策等大顺文臣武将打开武昌城门，率领16000多名士兵及14万军属走出武昌城，向围城明军缴械投降。
随即根据事先达成的协议，朱由崧赦免了牛金星以下十多万大顺军民的死罪，但活罪难逃，因此，稍后的一年来，包括牛金星在内的大顺军民与之前向朱由崧投降的左良玉、左梦庚残部、军属一样，被分批押解出海安置，成为了朱由崧进一步扩充虾夷地大树、向海方向、苦兀岛南湾、北湾、囊哈儿卫、热海等处、小琉球宜阳方向、千岛群岛实际是勘察加半岛皇庄及黑龙江各商栈的有生力量。
在武昌开城的第三天，黄得功部抵近襄阳城下，但由于李自成北逃后及时与田见秀等取得了联系，因此，有兵无民粮草也不多的田见秀、辛思忠两部一早放弃了襄阳城，带在李自成退往了均州、郧阳方向，并且在黄得功部向郧阳进攻后，又从郧阳逃亡了四川，最后与李过、刘宗敏等人实现了汇合。
不过，李自成、田见秀等人虽然逃脱及时，但其留在南阳、信阳等地的兵马却没办法跟上大队了，在黄军的逼迫下，差不多6000余顺军向黄军投降后根据朱由崧的命令，其中3000人划拨给了高杰统帅，另外3000则与武昌顺军一样，被押解出海安置；当然，黄得功对此是有些不满的，但左梦庚部殷鉴不远，蒙朱由崧开恩已经将所部员额扩充到5万人的黄得功也不敢多说什么，这件事就不了了之了另外有3000多顺军逃亡河南府后，向驻守在洛阳周边的清军博洛部实施了投降。
因此最终随着李自成退入四川的顺军仅有3万人马、随行军属也只有3万人另有3万被孙传庭的追兵赶上截住，最后被什么都缺的孙传庭安排在荆州境内屯种了成为明清顺西四位玩家中兵力最少的一位，“势力日蹙”，当然，比起另一时空此时李自成已经兵败“身亡”来说，却还是大有不同的······
按下李自成和控制了大半个郧阳府、小半个南阳府的黄得功部不说，朱由崧这边是当年七月一日率部从武昌返回南京的，并于当年七月十一日，于南都万民郊迎下回到了南京城。
在祭拜孝陵及奉先殿，向历代祖宗报告了自己阻止了叛军、消灭了贼寇主力、击退了北方侵略者的功绩后，朱由崧莅临武英殿，发布了一条非常严厉的诏令。
“查衍圣公孔胤植失节从虏，先奉《初进表文，又上《剃头奏折，实名教罪人、圣人不肖子孙，故诏废衍圣公爵位，于圣人家谱之革除本宗房名，罚没北孔除祭田以外一切田土财物，以孔氏南宗孔胤桢一支接掌孔氏大宗，并授孔胤桢大成至圣先师奉祀官，领祭！”
卢久德刚刚开始宣读这份特旨的时候，在场的文武大臣还以为只是废除了孔胤植的爵位，剥夺了孔胤植一支在孔氏的地位，但到最后才知道，朱由崧是废掉了衍圣公的爵位，而以大成至圣先师奉祀官代替，因此众人的脸色一下子变了。
王铎更是硬着头皮出列劝谏道：“衍圣公爵位流传已久，若是轻易废止，只怕天下士子哗然呢？”
“衍圣公？孔氏子孙早在前元就当了十几代的汉奸了，就是因为没拿掉衍圣公的爵位，所以，一个个都没了记性，于如今故态复萌了。”朱由崧厉声说道。“再说了，亚圣、复圣、宗圣、述圣之所以能有圣名，乃有教化功绩，孔家子孙有什么可以称圣的地方？又在哪里延续了圣人之德啊！”