朱由崧没有管新兵招募中产生的猫腻朱由崧认为现在一切为明年挡住清军进攻让步但东林党人却似乎发现了机会，于是左都御史刘宗周、右都御史吴甡领衔，就义勇招募中的乱象向他们一直看不惯的阮大钺开炮了。
然而，在东林党人集体发难的前一天，奉朱由崧之命，内书房掌印兼提督内行厂的钱禄秘密拜会了马士英，向马士英通报了东林党人将集火阮大钺的消息；马士英随即紧急与阮大钺、刘孔昭等人会商，并连夜对参与倒卖义勇入选名额的人员进行了清理和转移。
1644年十月初一的朝会上，刘宗周、吴甡等东林党御史果然对阮大钺发起弹劾，已经基本收拾了手尾的阮大钺毫不示弱，公然表示绝无此事，一切纯属东林党方面捏造，乃是东林党党同伐异的又一表现。
马士英表面中立，然后以持重的名义要求朱由崧派人仔细清查，于是朱由崧便派吏部郎中李迟、御史孙道祥、锦衣卫北镇抚司某人及内行厂某人一起参与调查；但参与调查的4人中，有3人是秘密站在一起的，因此，经过十天的调查后，在孙道祥不同意的情况下，得出了都察院风闻有误的结论。
虽然朱由崧并没有因此怪罪风闻言事的都察院，但刘宗周自觉自愿的提出了辞呈，朱由崧挽留了两次，刘宗周坚持辞职，朱由崧便御准了。
刘宗周致仕后，朱由崧便任命吴甡继任左都御史，以原崇祯朝兵部尚书张缙彦出掌兵部张缙彦原在北京投降了顺军，但后来潜逃回了河南老家，并纠集地方士绅反对顺军统治，因此适用半年内逃归者可赦免的条款，但其能被任命为兵部尚书，主要是朱由崧设立某种样板的考量，以及有把柄可拿捏的张缙彦必然成为事事听命的帝党的计算并以原崇祯朝兵部尚书丁魁楚出任右都御史、调阮大钺为工部尚书、原工部尚书王应熊专任大学士。
见到阮大钺不但没有受罚，而且还升了尚书，黄道周、姜曰广、黄配玄等朝中东林党大臣便一气之下，也向朱由崧主动请辞了。
对于姜曰广、黄道周、黄配玄的辞呈，朱由崧一方面照批不误，另一方面又以大理巡抚左光先、应天府尹孙嘉绩等东林党党人继任之之所以朱由崧会继任让大量东林党人留在朝中，一方面是为了削弱东林党对地方的控制，另一方面也是为了让东林党人继续制衡马士英、阮大钺、刘孔昭等人的联盟。
对于朱由崧异论相搅、平衡朝局的手段，高弘图、王铎都看明白了，所以，两人的态度相继发生了转变，其中高弘图与王应熊一样转向中立，而王铎则逐步背离了东林党的小团体，向朱由崧靠拢，由此东林党在内阁中的力量也受到了削弱。
于是，为了确保东林党在内阁中有一定的话语权，朱由崧便于当年十月末，任命吴甡为东阁大学士，其左都御史的遗缺有丁魁楚继任，右都御史则由刚刚召回南京的河南总督田仰担任田仰与刘孔昭的关系密切，因此他被任命为左都御史可以视作朱由崧对马士英一派的补偿，也是可以视作在都察院内进一步掺沙子，削弱东林党声音的手段。
但吴甡出任东阁大学士后，朝中东阁大学士的数量就太多了，所以，朱由崧便晋马士英和高弘图为武英殿大学士，王铎为文渊阁大学士，并免去王铎礼部尚书的兼职，由原吏部左侍郎钱谦益接任······