1644年五月，大顺军西撤以后，山东、河北等地的大顺地方政权被明朝官绅颠覆；清军占领了北京附近地区，但由于多尔衮强制推行剃头、圈地等政策，京师附近的居民惶惧不宁，许多地方揭竿而起反对清朝的统治。
譬如三河县、昌平州、良乡、宛平、大兴、霸州、东安、武清、漷县、天津等地就出现了“盗贼千百成群”，以至“辇毂近地，几同化外”的景象，甚至连京师所用的西山煤炭也因为道路阻隔无法运入城内。
此时，京师内外百姓流言四起，盛传清军将有屠民之举。
多尔衮等清廷统治者为此一再辟谣，安定民心，同时派兵遣将进行扫荡，“辇毂之下，盗贼窃发，及至捕获，少长尽置于法”，连“老稚不能弯弓操刃者”也滥加屠戮。
在这种情况下，清廷需要一段稳定自己在京畿地区的统治和养兵蓄锐的时间，所以迟迟未能向畿南、山东和豫东方向，派出征讨大军。
但史可法集结许定国、刘洪起、刘洪礼、周道玄、徐良臣、张孟习、孙学礼、房文雨等山东、豫东等部北伐的行动很不顺利，各地军阀并不愿意脱离现有地盘北上与顺军或清军拼命，再加上史可法也是一个无能之辈，因此迟迟不能整合各军，最终虽然在朱由崧的“十二道金牌”催逼之下，终于率领徐良臣、张孟习、孙学礼三部万余拼凑之师，北上收复了济宁和兖州，但接下来就止步不前，只是名义上恢复了对山东及畿南部分地区的控制。
为了给史可法施加压力，朱由崧接受刘孔昭的提议，任命贵州思南府人田仰为河南总督，驻节开封，为史可法西面屏障，并为史军筹集粮草。
田仰此人虽然贪鄙，但能力还是有的，在他的努力下，许定国部很快全师从睢州移动到了曹州城驻防、陈州刘洪起所部也移动到了开州城驻防、刘洪起的堂弟刘洪礼也提兵进驻了濮州城，再加上进驻东平州的张有才部，据守泰安州的杨逢春部，明军勉勉强强在山东、畿南也有了34万兵马，似乎有了继续反攻的能力。
可在这个时候，刘宗周却提出了联虏制寇的主张，由于刘宗周的影响力，这个主张很快就成了南京城内的主流舆论东厂控制下的诸多小报虽然也为之针锋相对，但东林复社集团对上层人士的影响力更大。
迫于舆论压力，并不想立刻就结束了与东林方面“蜜月期”的朱由崧便只能暂时同意派遣代表团前往北京谈判当然，另一时空给的岁币是没有了于是，当年六月初三，兵部右侍郎兼右佥都御史左懋第与后军都督府左都督陈洪范、太仆寺卿马绍愉为副使的使团启程北上。
对于南京朝廷联虏制寇的主张，即不支持也不反对的史可法对此摆出了一副视而不见听而不闻的架势，但可以想见，无力北上的史可法其实是乐见清明议和的。
但就在史可法自以为可以摆脱北进任务之际，朱由崧越过争论不休的礼部和吏部，向德州“济王”政权派出了中使，在中使携带的中旨中，朱由崧要求“济王”政权立刻出兵畿南收复大名、广平、顺德等府，并命令传旨中使暗示朱帅钅火欠若能完成此项任务，则“真济王虽不可得，然一郡王必可酬之”······
完成北线的布局后，朱由崧正式任命前兵部尚书张国维为江西总督兼江西巡抚，统辖江西、赣中、南赣三地军务，并为进驻九江的黄蜚部提供后盾；
接着，朱由崧根据与东林党主要高层达成的默契，任命袁继咸为户部左侍郎、钱谦益为吏部右侍郎，刘宗周为吏部左侍郎，阮大钺为兵部左侍郎；杨维垣出任通政使、何腾蛟为福建巡抚、余煌为江东巡抚、越其杰为浙北巡抚。