明崇祯十七年、清顺治元年、顺永昌元年、西历1644年四月二十九日夜，李自成全军撤出北京，第二天一早，相关消息就被人报告给了多尔衮，多尔衮便于当日上午下令诸王、贝勒、贝子、公等率八旗兵追赶，吴三桂此时也接到了命令，同在追击行列。
顺军离开北京后，李自成以左光先、谷大成两部率二万骑兵断后，又使出当年对付明军的那套丢弃辎重的战术来减缓敌军的阻击速度，从而暂时摆脱了后方的追兵，得以一路安全西行。
当年五月初一，李自成率部退到涿州，但城内原明军官绅冯铨已经得知顺军在山海关战败的消息，因此率城内军民坚决拒绝李自成部入城；顺军当然发起了进攻，但由于担心后方追兵，所以，初战未能得手，便放弃了继续进攻，然后向保定逃去。
五月初二，也就是朱由崧登基称帝以及多尔衮进入北京的当日，清军前锋在保定附近追上了顺军，双方大战一场，顺军再次战败，不得已，继续向南逃亡。
五月三日，顺军后卫与清军前锋在定州北清水河岸展开交战，此战中谷大成牺牲、左光先负伤，但总算迫使清军停下了追击脚步，李自成部这才得以安全的退往山西。
虽然接下来清军为了稳固京畿周边形势，并未立刻南下西进，但此时，大顺制将军白邦政、巡漕户政府从事方允昌对陈州、归德等地的进攻，被许定国、刘洪起等明军将帅所粉碎；大顺德州权防御使阎杰和德州牧吴征文等被诸生、明大学士谢升之弟谢陛所率领的地方民团杀死；大顺沧州守将被原明尚宝司卿程正揆率部推翻；原明职方司主事凌駉于临清起事，俘虏了大顺防御使王皇极；原明宣化镇总兵姜瓖杀死了大顺大同守将张天琳。
因此，一时间，大顺政权在直隶、山东、河南等地的统治已经处在了土崩瓦解的状态下。
所以，为了确保尚余统治区的稳定，李自成便借清军主力回缩至京畿周边的时间机会，在力所能及的范围内对反叛者进行了军事镇压顺军在榆次、太谷、定襄等地进行了三次较大规模的屠杀，造成了总计万人的伤亡，朱由崧刚刚册封的淑妃梁氏的母族就在顺军屠戮太谷时被杀了干净此外，顺军还大量迁徙缙绅富户，将他们从山西、河南前线，迁往了陕西西安，同时还集中兵力“分守山西诸隘”。
顺军开始收缩力量，以应对比起明军来更可怕的清军了，但南明这边却一时没有抓住反击的机会：
西线这边，朱由崧册封左良玉为武提督，命其以襄樊为基地，向北收复南阳，向西收复荆州、郧阳的诏书，差一点被左良玉给撕了，只是迫于孙传庭、路振飞率部西进的消息，左良玉才捏着鼻子承认朱由崧成为大明皇帝的现实，不过，左良玉承认了朱由崧的帝位，却也始终没有出兵北上，就此丢失了夺取襄樊的机会。
东线这边，史可法于五月初五才离京北上，行动迟缓的他于五月十五日才抵达徐州，然后，史可法在徐州以召集睢州许定国、陈州刘洪起、鹿邑刘洪礼、太康周道玄、单县徐良臣等部会攻济宁、复夺兖州的名义整整滞留了十天，这才在朱由崧派出的内监的催促下，率部北上夺取了顺军董学礼、傅龙两部一早放弃的济宁和兖州；但在夺取济宁和兖州之后，史可法除了飞檄山东、南直隶外，就再也不肯前进一步了。