崇祯十七年三月二十九日，北京失守的消息传到了江苏淮安，淮安巡抚路振飞随即向南京通报了这一情况，但值得注意的是，路振飞并未向朱由崧等南逃宗室通报北京失陷的消息，很显然，路振飞等人还幻想崇祯皇帝或太子朱慈烺能逃出北京，逃往南京。
说起来，由于南京在明朝初年是整个明帝国的首都，所以明廷于永乐年间迁都北京以后，南京作为留都永乐朝以后的很长一段时间里，南京依旧是明帝国的首都，北京只是皇帝所在的行在而已依旧保留了六部、都察院等一整套与北京相对应的中央机构。
这种两京制度的特点是：皇帝和内阁大学士等决策人物都在北京，北京的六部等衙门是名副其实的中央权力机构；南京各衙门多为虚衔，公务清闲，任职官员被称为“吏隐”，但地位一般不低于北京相对应的衙门官员。
更值得关注的是，在绝大多数都是养老官员的情况下，南京参赞机务兵部尚书、南京守备太监和提督南京军务勋臣依旧掌握有一定的实权。
因此在李自成部兵临北京城下，北方消息就此断绝后，南京兵部尚书史可法便于当年四月初一，领衔发布了“号召天下臣民起义勤王捐赀急事”的南都公檄。
在这份檄文中提到“南北之耗莫通，河山之险尽失”之类的“宗社危情”，籍此说明了，南京方面已经做好了最坏的准备，只是由于具体情况还不清楚，所以，只能继续做观望状态······
南京或许还不知道北京的情况，但朱由崧已经提前知道了，这倒不是朱由崧根据前世记忆做出的判断时空已经变了，鬼知道崇祯皇帝会不会想明白了而是济州舰队拦截了从天津率部撤退的黄蜚船队。
黄蜚，又名黄斐，字文麓，南昌人，本姓涂，早年跟随其舅东江镇总兵官黄龙在辽东对抗后金军；崇祯六年1633年黄龙与后金军在旅顺口激战中牺牲，由于黄龙无子，所以，明廷特许黄蜚承继黄氏；此后，黄蜚因积功升任了都督同知、援剿东北水师总兵，并在崇祯某年成为提督关辽通津淮海江镇水师便宜行事，实际负责北中国的海防重任。
不过由大明水师其实是一只近海舰队，所以，黄蜚所部是没办法动摇济州舰队在辽海、东海等处的海上霸权的，相反，作为天津、山东走私商人的保护者，黄蜚所部与济州舰队之间是有默契的，即济州舰队不针对北地商人收取通海费，黄蜚所部则对济州舰队的所作所为视而不见听而不闻，双方和平相处，彼此河水不犯井水。