在阿巴泰和爱新觉罗尼堪看来，清军至少在炮兵方面是有优势的，既然如此，那就扬长避短，试着先用火炮来砸烂对方的乌龟壳，不能不说这是两人目前最正确的选择了。
但问题是，清军的炮兵阵地都是经过刻意整修的，以避免商栈守军用康格里夫式火箭加以还击，所以，要对商栈第二道防线实施炮击的话，原本已经在射程极限上清军炮兵就要移动炮位、重新构筑炮兵阵地了，这可不是短时间内就能完成的某种意义上也是借着兴修新炮位的机会，有意无意的拖延总攻发起的时间，籍此等待沈阳的最新决定。
清军不主动进攻，许昇焘、于通等人自然也不好盲目的进行反击，因此，玄城卫一线便陷入到了大战之前的暂时宁静之中
在玄城卫陷入“休战”状态的同一天，宁虎率着6艘淮丙炮舰、8艘淮甲运输船福海号分家后，济州舰队分得了6艘淮甲运输船，祥福瑞则获得了另外28艘淮甲运输船，新福海号获得了全部34艘淮乙船但由于掩饰身份的需要，新福海号及淮乙船队是不允许再参与济州舰队和祥福瑞的一切行动的而济州舰队中的2艘淮甲运输船，此刻正随着第一分队驻扎在虾夷地，没办法抽调回来，祥福瑞这边的船则要么在云梯关船场进行维修，要么在执行其他运输任务，因此也只能抽出4艘正好在济州岛停靠的淮甲船出来，与济州舰队此番原城前线撤退行动抵达了原城外海，随即开始组织岛原天草起义军残部撤退。
由于是短程运输，因此每艘淮甲船上都塞了近400名日本人正常情况下是绝不会超过150人的每艘淮丙船上也塞了小200人，然而原城前线眼下一共有5900多名岛原天草起义军的残部在过去的十天里，拼死挡住幕府讨伐军的起义军残部又陆续损失了500多人，所以，还有1600多名起义军没办法第一批次撤出。
原本宁虎设想，或可以再派船来接应这部分起义军，但如此大规模的运输是不可能不惊动酒井忠胜率领的幕府讨伐军的，因此，当如梦初醒的在幕府讨伐军心急火燎的发动最后总攻的情况下，留守的1600多起义军也是没办法安全撤出的。
尤其是天草四郎时贞，原本，宁虎还希望他能优先撤出，但天草四郎时贞决定与最后的守军一起同生共死，坚决不肯抛下战友，所以，宁虎等人只好叹息着，带着一船队痛哭流涕的岛原天草百姓缓缓的驶离了原城外海。
期间，在酒井忠胜的严令下，熊本、萨摩等藩的水军还试图上来阻止，结果被怒气值爆棚的济州舰队第三和第四分队当着那些在陆上遥望的幕府讨伐军的面一通胖揍，直接把两藩水军打得“生活不能自理”了。
只是，当济州舰队掩护着运输船撤退后，原城中，岛原天草起义军最后抵抗部队的这口憋着的气就泄了，气一泄，自然就没办法再抵挡如潮水般反复涌上来的幕府讨伐军了，于是，战到第二天凌晨时分，原城失陷了。
战至最后的天草四郎时贞及身边少数起义军点燃了城内最后建筑，然后全体投火自杀，至此，岛原之乱算是被幕府镇压了由于没有天草四郎时贞生不见人死不见尸，所以幕府讨伐军中便有传言，天草四郎时贞是被济州舰队救走了，这个传言在随后一百多年里在日本本土传播的沸沸扬扬，以至于后来的几次日本农民暴动都还有人打出了天草时贞的旗号，但这就是后话了