由于宁虎率淮丙船团一度对长崎港的封堵并在港外击溃平户藩水军的事实，迫使幕府军统帅松平信纲不得不把原本充作总预备队的府内、臼杵等藩军队及后来开到的对马藩水军布置在长崎港进行警戒。
接着，又因为总预备队被调用的缘故，松平信纲严令北九州各藩立刻补足征召的缺额，这就造成了北九州各藩领内的动荡和空虚。
花山京雄恰好在这个时候向岛原起义军的领导层提出了“敌可来，我亦可往”的主张，并通过反复努力，终于说服了天草时贞等起义军高层领导人。
随后，在福王府派出的淮甲船的暗中运输下，岛原天草一揆军派出的将士成功的渗透到了藩内空虚的加贺、熊本等藩中，并与同样受到残酷剥削的各藩百姓及百姓中的领导者取得了联系，进而埋下了动摇整个北九州封建统治的大起义的火苗。
不过，在这场遍布大半个北九州、中九州的农民起义彻底爆发来之前，岛原天草方向的起义军们不得不以继续以极大的代价拼命的拖住面前的幕府讨伐军
明崇祯十一年二月十一日，幕府东线讨伐军进攻连续奋战，先后夺取了须川砦、阵川砦、成就院砦等处山砦，包围了湧水砦、清水山砦、五郎砦、日野江砦日野江砦是在日野江城旧址上修建的，但由于当初有马家将日野江城拆的比较彻底，因此没办法恢复原貌，只能凑合着修一个勉强可用的山寨了等义军据点，从而将战线推进至了濡川以北沿河平原地带，致使起义军失去了地利上的优势，被迫从濡川上游的元平桥砦、梅园砦，加津川上游的玉泉寺砦撤退。
二月十三日，幕府西路讨伐军夺取了口之津方向的口之津砦、南有马山砦，并通过玉泉寺砦推进至锦宫谷地以锦宫神社命名前，威胁谷地北部的良国寺砦和谷地南面的清泷寺砦此时，起义军在原城外围就只剩下了有马山砦、良国寺砦、北有马山砦、多原砦、北山砦、真砂山砦、古野山砦、西古野山砦、清泷寺砦、锦东山砦等10处小型据点因此，形势对起义军来说，日趋不利。
而在天草群岛方向，在松平信纲的再三催促下，幕府南路讨伐军也已经括清了天草群岛中的大部分有人及全部无人岛屿，进而全军登上了下天草岛。
只是，下天草岛面积足足有57401平方公里之巨，在北海道和南千岛群岛还不归属于日本的情况下，是日本境内的第11大岛，且岛上80的土地都是山地，因此要清扫岛上的起义军并不是一件简单的事情，所以，岛津守光与熊本藩继承人细川光尚经过商议后决定，一方面分兵把守各条进山通道，另一方面沿海岸线左右包夹，最后在富冈城下会师。
然而这么一来，松平信纲指望的短期内清肃整个天草群岛的可能性就不复存在了。
虽然松平信纲对此深表不满，但岛津和细川两家拿出的理由也是合情合理的他们要封死逃入下天草山区的一揆军，将他们饿死在山中最终，无可奈何的松平信纲只能规定了一个时间，勒令幕府讨伐军南路部队务必在当月二十五日前，进抵富冈城下，并在随后十天内下城。