广渠门和德胜门之战后，阿巴海见明军反抗激烈，且冬季战马掉膘严重，不利再战，便统帅后金军主力移师至南海子驻扎，南海子本为明代皇家猎苑，草木丰盛、野物众多，尽为后金军所获后，后金军的战力士气都得到了极大的恢复。
崇祯皇帝自然是不愿意见到后金军在京师门口恢复战力的，便再三要求民科军事专家派兵收复南海子，但民科军事专家除了伸手跟明廷要赏银外，只就地招募了五百士兵去南海子，还恬不知耻的声称给后金军造成了不小的损失，“后金军稍退”。
不过，由于在广渠门之战中基本没有战果，所以民科军事专家不好意思再三提议“行款”的建议，但因为口风不紧或有意外传、试探舆论风向的缘故，关于民科军事专家和部分东林党高层诸如内阁大学士钱龙锡等正在筹划与后金议和的消息还是在北京城内闹得沸沸扬扬，不说尽人皆知吧，至少该知道都已经知道了。
对于民科军事专家的这一系列奇怪的行为，明廷上下由最初的信任，转为了怀疑，到最后彻底变成了担心，所以，十二月一日，崇祯帝在平台召见时，下令逮捕了民科军事专家。
在逮捕时，崇祯皇帝为了避免冤假错案，特意给民科军事专家和一旁陪伴的辽镇大将祖大寿以解释的机会，可是非得民科军事专家没有能做出应有的解释，而且一旁的祖大寿更是不知道该说什么才好。
于是，民科军事专家便在劫难逃了当日，崇祯皇帝下民科军事专家诏狱。
随后，崇祯皇帝命令满桂和祖大寿分别统领辽镇兵马，但辽镇兵马又怎么可能听从外系将领调派呢，所以，祖大寿回去后跟其他辽镇将领一商量，便带着辽镇兵马逃离了北京战场，真正验证了什么是动如脱兔，也就是后来孙承宗去信反复安慰，并说明不会再派其他人来指挥辽镇兵马，祖部才没有一口气逃出山海关外，但辽镇兵马至此再也没有加入过北京保卫战，就那么远远的坐观，各地勤王之师的到来、奋战、被歼以及成千上万的京畿百姓被劫掠、被屠杀。
辽镇兵马溃逃后，京畿附近的兵力非常有限，但此时崇祯皇帝却犯下大错，强迫兵力不足的满桂出击，满桂迫不得已，只好指挥黑云龙、麻登云、孙祖寿等大将，于十二月十五日出阵迎战后金军，结果全军覆没，其中满桂和孙祖寿战死，部将麻登云、黑云龙被后金军活捉。
满桂战死的同日，在柳林、大井、芦沟桥方向作战的满桂的副将申甫以下七千人也悉数战没，眼见得最得力的部队覆灭，北京城内一日三惊。