更为不堪的是，孙承宗还强令觉华岛的明军水师于八月二十七日赶到三岔河口，协助马世龙部过河，但问题是，对于海上有没有风啊、潮汐对不对等问题，孙承宗是一概不管，于是，觉华岛的明军水师理所当然的没能按期赶到。
不得已，鲁之甲、李承先两部只能以找到的小渔船运兵过河，一次只能过十几个人，运了整整一天，才运过去800人左右，不但严重拖延了行程，而且还让后金方面有了防备。
话说，当时耀州城正在重修之中，城墙只有一人多高，城内守军也只有阿巴海黄台吉手下正白旗的两个牛录，不过是三百多人、绝不到四百的样子，以800人去进攻，其实也不是没有胜算的，但明军连夜进攻不但没有胜利，而且天亮之后，耀州城里的后金军一个反击，就把鲁和李的两部明军给彻底打垮了。
随后，耀州城里的后金军出城追杀鲁之甲和李承先部，鲁之甲与李承先在混乱中先后战死，中军钱应科则在逃回三岔河西岸时不幸落水溺死，对耀州的攻击就此彻底失败了。
听闻进攻耀州失利，后金军大举攻来的消息，明军各部不辩真伪，也不派人查验敌情，转头就跑，跑着跑着，手下那些原本就军心不稳的将士便丢盔弃甲，消失不见了，于是乎，堂堂十二万大军到最后只剩下五万八千人还算完整，其余不知所踪，成为了莫大的笑话，也就是后金这边兵少没船，没想着过河捡便宜，否则，又要让后金不知道捡去多少装备了。
原本自金复北上的东江镇进展还比较顺利，先后围杀了30多名后金旗兵，待听到耀州方向失败，后金军西面无警，主力将毫无牵制的用于辽南方向后，东江镇便也滑脚丫子溜了，由此，东线的牵制作战也失败了。
损兵折将一无所获，孙承宗和马世龙各自埋怨，但对于朝廷还是要有所交代的，所以，孙承宗便避重就轻的上奏称，袭击耀州的行动因为觉华岛的舟师失期不至，暂时搁浅了，鲁之甲和李承先的意外死亡则是“巡河哨败”导致的。
对于孙承宗所说的“觉华岛水师失期不至”，王在晋的看法是“按陆兵可以程计，水兵不可以日计，水陆约期于二十七日举事，水兵并无消息。世龙料理如此，焉得不败。”
至于所谓耀州之战搁浅一说，宁远理刑同知程继偀揭露道：“辽广继沦奴逞四载，而袭耀州者实挑之，袭耀亦匪失计也，夫在以全军为掩耳之计，而盗强敌之铃耳。然济河者没矣，未济之旅一奔数百里”
所以，尽管对孙承宗很是失望的天启帝看在他是自己老师的份上，对孙承宗进行了挽留，但面对各种揭露的孙承宗自己没脸继续担任辽东督师了，于是，孙承宗再三请求辞职，对此，天启帝误以为孙承宗是在跟自己讨价还价以及表达对杨涟等人身死的不满，生气之余，便批准了孙承宗的辞职