天启帝下令逮捕杨涟等六君子后，当年五月，周朝瑞、袁化中、顾大章就先后被抓捕到了锦衣卫北镇抚司等到六月，魏大中、杨涟、左光斗也先后被抓来了，于是，对六人的审讯便于六月二十八日正式开始。
杨涟等人一开始根本不承认自己从熊廷弼手中收取了什么贿赂，然而“显纯箠楚甚酷，无生理”，于是左光斗便对其余五人说“彼杀我有两法，乘我之不服而亟鞫以毙之，又或阴害于狱中，徐以病闻耳，若初鞫辄服，即送法司，或无死理”，于是众人俱自诬服。
在这里，左光斗犯了一个致命性的错误，他以为自己承认了贪污，就会被从锦衣卫诏狱转移到刑部天牢，如此就可以方便同党解救自己，甚至自己都可以翻供了。
很显然，左光斗并不知道异时空那句“抗拒从严，回家过年，坦白从宽，牢底坐穿”的名言，因此，当他们画押的供词送到天启皇帝面前时，天启皇帝顿时萌生了被东林党人欺骗的感受，所以，在确认并非是屈打成招后许显纯上奏，打是打了，但还没有打到承受不住的程度，人就招了恼羞成怒的天启皇帝便按照王体乾、魏忠贤等人的建议，没有命令锦衣卫向刑部移交人贩，且要求许显纯“严刑追比，五日一回奏”、“待追脏完日”再“送刑部拟罪”！
至此左光斗这个臭皮匠的拙计彻底搞砸了，并给世人和历史留下了东林党人其实也贪污的印象，虽然，后来崇祯皇帝即位后为了证明自己清洗阉党的正确性，拼命为六君子洗地，但这些话欺骗一下无知小民可以，在高层人士眼中，东林党的政治形象却一落千丈，彻底跟道貌岸然伪君子画上了等号。
而就杨涟等人来说，他们的苦日子才刚刚开始，要知道，天启皇帝深恨他们欺骗自己，要对他们进行所谓的追比，也就是规定每过几天交多少“赃款”，如果交不上来就要严刑拷打，什么时候家属把全部“赃款”凑齐了交上，在诏狱的事情才算完了，才能移交刑部议罪。
但杨涟等人就算卖地卖房子，也实在凑不出那么多钱来许显纯给六君子安排的供状中，杨涟和左光斗各受杨镐、熊廷弼贿赂20000两，周朝瑞受10000两，魏大中3000两、袁化中6000两，顾大章40000两东林党人中有钱的也不敢为杨涟等人代缴，真代缴了就坐实了杨涟等人真有钱、真受贿了。
既然杨涟等人拿不出钱来，那么许显纯也不客气，“追比时累累跪阶前，诃诟百出，辱之”、“夹、桚、棍交替使用”、“后讯时皆不能跪起，荷桎梏平卧堂下”，惨不可言。
在朱由崧前世时空里，有一个桐城人叫方苞的，生在康熙年间，既没有见过左光斗，又没有见过左光斗的学生史可法，从其父方仲舒那里道听途说了些东西，便写了一本左忠毅公逸事，把左光斗塑造的铁骨铮铮，把史可法描写的忠孝两全，但实际上，这里面根本不能认真推敲。