叶向高走了，韩爌自动升为了内阁首辅，再加上朱国祯也在内阁里，所以激进派的东林党人并没有因此觉得大事不妙，反而还认为婆婆妈妈的叶向高离开后，东林党人反而能更加团结一心呢。
这不，叶向高走后没几天，东林党又到了一次危机八月初一，身为东林党政治盟友的左都御史孙玮不幸病故，由于左都御史是科道之首，掌控言路，位置十分关键，因此，东林党是绝不允许这个职务落入三党残余并阉党之手的，于是乎，手握铨选大权的吏部尚书赵南星便毫不犹豫的推荐杨涟为新的一任左都御史。
可问题是，赵南星这次举荐，明显让天启帝很不开心。
不过想想也是，天启帝刚刚颁旨斥责了杨涟“借端沽直”，你东林党又第一时间把杨涟推荐上来，这是要让天启自己打自己的耳光吗？
亦或是你皇帝觉得不妥没什么屌用，我东林觉得好，那才是真好呢？
既然心中有了芥蒂，所以，天启帝批了“不报”两个字，算是把事情给搁浅了。
赵南星也觉察出皇帝的不满了，所以便退了一步，推了南京都察院左都御史冯从吾接手孙玮的遗职南京都察院是北京都察院的备份，虽然是闲职，但从政治地位上来说，南京左都御史接北京左都御史的差那是顺理成章的。
然而，天启帝却另有考虑，在天启皇帝看来，新的一轮大计即将开始了，还是从京官里推一个熟悉全面事务的人为好。
天启帝的考量当然不能说没有道理，但此时北京市井上疯传阉党准备推荐户部尚书李宗延出任左都御史，对此，东林党上下绝不答应，便又重新推荐了东林元老高攀龙出任左都御史一职。
其实高攀龙担任左都御史是非常不妥当的，因为他与赵南星是门生与座师的关系，师生两个一个掌吏部，一个掌言路，明显是会授人以柄的。
可东林党激进派却劝他不要退缩，说什么：“如今钻营的人多，你却要退后。你是廷推上来的，怕什么？若皇上不批，我们还要全体去廷争，当为天下争此一人！”
好家伙，真把朝廷当做东林党自己的了，想让谁干，就让谁干，皇帝还不能不同意。
高攀龙也是头脑不清，一听同党这么一说，也就不再推辞，结果相关报告递上去了，天启帝还真就批准了，由此可见，天启帝真不是阉党的傀儡，他对于眼下的朝争是自有主张的。
既然左都御史落入了东林党之手，外计大权也继续掌握在东林党手中，东林党的某些要角就放松了警惕，因此，天启四年八月，曾经作为天启帝老师的东阁大学士孙承宗自请出关督师，承担收复辽东的重任。
关于孙承宗为什么会在这个时候自请出关督师，有人说那是“金风未动蝉先觉，暗算无常死不知”，很显然，孙承宗是觉察出东林的情况不妙，所以提前金蝉脱壳了还有人说，是出于“重耳在外而生申生在内而亡”的考量还有人以为东林党派孙承宗出关是为了掌握巨额辽饷并掌握辽东将门，以便挟持大军呼应北京的政治斗争需要，是内外联手的套路当然，也有人说孙承宗是为国为民，不想参与党争。
但不管东林党和孙承宗到底是怎么想的，孙承宗这么一走，东林党就少了一个能影响天启帝的大将，为接下来的政治斗争失利，埋下了一个重要的伏笔