要知道，从张四维之后算起，历任内阁首辅大臣大都吸取了张居正死后遭清算的教训，不大愿意揽权，而六部从嘉靖年间起被内阁压制，一早就想伸张独立行政权，如今见首辅主动放弃揽权，便立刻反攻倒算，如此一来，便导致了从万历中后期开始，相权被极大的削弱可。
具体到了叶向高这里，由于他本人的处世方式比较软弱，内阁就更是指挥不动包括吏部在内的几个有实力的大部了，而偏生当下吏部尚书赵南星又是一个强情人物，整顿吏治的时候，大刀阔斧，根本就不和内阁打招呼，简直把内阁当成了空气。
叶向高对此，那是相当的不满，就或托病不出或经常性上疏辞职，一副任由赵南星去碰壁撞墙，决不施以援手的做派，因此，东林党内的分歧实际已经明显化了，若不是还有三党残余和阉党这回事，内部早就斗起来了。
而这次杨涟上疏弹劾魏忠贤也是一样，杨涟事先跟同属东林的左光斗、魏大中、李应升等都进行过商议，惟独不跟作为首辅的叶向高汇报和通气，叶向高也是杨涟上疏后才知道原委的，实在是很没面子，自然而然的，是不想助杨涟一臂之力了。
当然，叶向高也不会乐见东林党在此事上一败涂地，然后声势大减的。
叶向高的如意算盘是，杨涟此次出击确实够魏珰喝一壶的，但必不能达到预期效果，那么到时候他来收拾残局，并卖魏忠贤一个面子，如此便可以同时讨好皇帝和东林党徒了。
既然现在已经是到了单凭杨涟等人无法挽回的程度，叶向高便决心出手了。
天启四年六月十一日，由叶向高领衔，全体阁臣联名向天启帝上了一本奏疏。
奏疏的前半部分把魏忠贤的政绩夸了一通，然后提出一个居心叵测的建议：“陛下诚念忠贤，当求所以保全之，莫若听其所请，且归私第，远势避嫌，以安中外之心中外之心安，则忠贤亦安。”
但这个奏疏实际并未征询过顾秉谦、魏广微的意见，因此实际是叶向高裹挟反对派搞的花样，对此，天启帝显然有非常清醒的认识。
所以，天启帝立刻批复道：“举朝哄然，殊非国体。卿等与廷臣不同，宜急调剂，释诸臣之疑。”
这份批复的语气实际上还算比较温和的，但是里面透露给叶向高的，却是一个重重的警告，这个警告，叶向高收到了，因此原本就没想着一杆子把魏忠贤和阉党打死的叶向高退缩了回去。
然而，叶向高选择了明哲保身，但东林党的其他人不干，因此，在天启帝诏书明确宣布大小官员不得随意附和杨涟弹章，再三上疏弹劾魏忠贤后，还是有人冒险上疏攻击魏忠贤。
见自己的圣旨也挡不住东林党这种党同伐异的前赴后继，天启帝怒了