朱由崧冠礼后第三天，万历皇帝在北京进入病危状态，就这样昏迷清醒，清醒昏迷，浑浑噩噩到了七月十四日，这一天，万历皇帝在清醒的时候，突然问当日值守在他身边的邓先道：“辽东熊廷弼怎么了？”
邓先虽然有些吃惊，但还是奏报道：“熊廷弼称自己病重，请求辞职还乡。”
万历声音轻微的说道：“告诉他，别闹腾了，就地调养，以安辽东军民之心副朝廷倚重之意，不准他辞职！”
邓先立刻在奏疏上批了红，随即让人发往内阁，此时就听万历继续问道：“皇后的谥号礼部拟好了吗？”
邓先一愣，急忙奏报：“礼部所拟孝端皇后谥号，皇爷不是一早就批了吗？而且五日前就已经颁布天下了。”
万历脸上浮起了一丝苦笑：“朕糊涂了，看来时间不多了。”
邓先还想多少些什么，万历再一次昏睡过去，邓先看着万历那副样子，摇了摇头，走到了殿外，对自己的心腹说道：“去通报小爷，皇爷的日子也就旬日之间了，”
哪怕是只有几天生命了，万历在清醒时仍要处理国政，这不，十五日那天，兵部上奏了辽东巡抚周永春的招募新兵一万一千人的计划，万历清醒后听了汇报，口授批示，同意周永春的计划，让兵部监督实施。
七月十六日，礼部奏请今年祭奠成祖文皇帝的祭礼由谁主持，万历口谕，由太子朱常洛祭奉先殿，由武靖伯赵祖芳祭长陵。
七月十八日，万历在清醒后，敦促兵部和户部速发白银三十万两解辽东前线。
不过，到了七月十九日，万历皇帝的情况陡然恶化，接下来一连昏迷三天，到七月二十一日才清醒过来。
清醒过来后，万历皇帝首先听取了云南巡抚关于水西与播州情况的报告，命令由兵部处理贵州方面事务，然后，喝了一盅吊命的参茶后，自知大限已到的万历皇帝命令道：“让太子、英国公、方先生、六部尚书都过来吧！”
这些大臣其实已经早就做好了万历随时去世的准备，得到通知后迅速来到乾清宫，看着面前泪流满面的臣子们，万历不知道他们当中有多少人是真心实意的，不过他已经管不了了。
“太子，记得在朕死后册封贵妃为皇后。”
朱常洛跪在地上痛哭流涕，连连叩首：“儿臣，儿臣遵旨！”
“瑞王、惠王、桂王，也早点安排他们就藩吧！”万历想了想补充道。“对了，还有朱由崧，好像之前封了他一个郡王，到时候就由太子晋封他为福王世子吧，好了，别哭了，朕虽然要死了，但大明江山还要存续下去，这副担子就留给太子了。”